Exemplo Embrapa

[Daniel Sarto Rocha]

Boa Noite Filipe!

Tudo Bem?

Eu tentei rodar o exemplo da Embrapa, mas na hora de contar as sementes esverdeadas os pontos foram colocados onde não há sementes.

Você pode me ajudar, por favor?

Desde já Obrigado

O código que usei foi esse:

# Necessary packages 

library(FIELDimageR)

library(raster)

library(ggplot2)

library(agricolae)

library(reshape2)

library(lme4)

# Uploading one image as example and decreasing the resolution

EX1<-stack("soybean/11.jpg")

EX1<-aggregate(EX1, fact= 4)

plotRGB(EX1)

# extent=T (The whole image area will be the shapefile)

EX.shapeFile<-fieldPolygon(EX1,extent = T)

# Select one index to identify leaves and remove the background

EX1.I1<- fieldIndex(mosaic = EX1,index = c("SI","BGI","BI"))

# Thresholding

dev.off()

par(mfrow=c(1,2))

hist(EX1.I1$BGI)

plot(EX1.I1$BGI)

# Removing the background

EX1.R1<- fieldMask(mosaic = EX1, index = "BGI",

                   cropValue = 0.7,

                   cropAbove = T)

# Counting the total number of seeds

EX.P.Total<-fieldCount(mosaic = EX1.R1$mask, 

                       fieldShape = EX.shapeFile$fieldShape, 

                       minSize = 0.1,

                       cex = 1.5,

                       na.rm = T)

# Select one index to identify green seeds

EX1.I2<- fieldIndex(mosaic = EX1.R1$newMosaic,index = c("SI","BGI","BI"))

#BI index

plot(EX1.I2$BI)

# Selecting green seeds

EX1.R2<- fieldMask(mosaic = EX1.R1$newMosaic, 

                   index = "BI",

                   #myIndex = "Blue",

                   cropValue = 130,

                   cropAbove = T)

# Counting the number of green seeds

EX.Green<-fieldCount(mosaic = EX1.R2$mask, 

                     fieldShape = EX.shapeFile$fieldShape, 

                     minSize = 0.07,

                     cex = 1.5,

                     na.rm = T)

# Joying information

data.frame(Total=EX.P.Total$fieldCount,

           Green=EX.Green$fieldCount,

           Percentage=round(EX.Green$fieldCount/EX.P.Total$fieldCount,2))

Foto das contagens:

A versão do R é R x64 3.6.3

e do R Studio Version 1.2.5042

[fmatias]

Oi Daniel obrigado por perguntar, 

Eu acredito que você esteja usando uma versão antiga do FIELDimageR.

 

Tente excluir a versão que você tem e instalar novamente conforme esse link: https://github.com/OpenDroneMap/FIELDimageR#Instal 

 

Veja se isso resolve,

Abs

[Daniel Sarto Rocha]

Ok. Eu vou tentar. Obrigado

--
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[Daniel Sarto Rocha]

Eu reinstalei e deu certo.

Obrigado!

--

Daniel Sarto Rocha

Eng° Agrônomo

Piracicaba-SP

[fmatias]

Ótimo, fico feliz...!!!

Abs