Fwd: propuesta tesis maestria

[Andres Pinzon]

Estimados,

Oportunidad de tesis de maestria en la universidad nacional de Colombia.

---------- Mensaje reenviado ----------
De: Liliana Lopez Kleine <llo...@unal.edu.co>
Fecha: miércoles, 23 de julio de 2014
Asunto: propuesta tesis maestria

Buenos días,
Por favor mandar este mail todos los estudiantes de maestría que podrían estar interesados en esta tesis.

Gracias,

Liliana

Las redes de interacción proteína-proteína son muy valiosas para describir y comprender funciones celulares. Actualmente para los organismos modelo se han identificado estas interacciones de manera experimental (por doble-híbrido o purificación de afinidad seguida de espectrometría de masa). Igualmente, se han propuesto metodologías basadas en la secuencia protéica. Se ha establecido que las interacciones identificadas por estos métodos, pero sacadas de contexto (localización celular, participación en ciertas funciones celulares), no son tan informativas como aquellas que tienen en cuenta ese tipo de información (Souai et al, 2014).

En esta tesis se pretende construir el interactoma de proteínas de yuca con base en información genómica disponible, iniciando por la reconstrucción con base en las secuencias protéicas conocidas (Lee et al, 2006; Singhai et al, 2007; Sprinzak et al, 2001; Yu et al, 2004)  y luego contextualizar estas interacciones con información adicional como Gene Ontolgy, por ejemplo.

El trabajo se realizará en el marco del proyecto colaborativo Interactoma en el patosistema yuca-Xanthomonas axonopodis pv. manihotis: una red para aplicar en los programas de mejoramiento.

Interesados por favor contactar a Liliana López (llo...@unal.edu.co)

 

Souiai et al.: In silico prediction of protein-protein interactions in human macrophages (2014) BMC Research Notes 2014, 7:157

Lee H, Deng M, Sun F, Chen T: An integrated approach to the prediction of domain-domain interactions. BMC Bioinformatics 2006, 7:269.

Singhal M, Resat H: A domain-based approach to predict protein-protein interactions. BMC Bioinforma 2007, 8:199.

Sprinzak E, Margalit H: Correlated sequence-signatures as markers of protein-protein interaction. J Mol Biol 2001, 311:681–692.

Yu H, Luscombe NM, Lu HX, Zhu X, Xia Y, Han JD, Bertin N, Chung S, Vidal M, Gerstein M: Annotation transfer between genomes: protein-protein interologs and protein-DNA regulogs. Genome Res 2004, 14:1107–1118.

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Liliana López Kleine
Profesora Asociada
Departamento de Estadística
Universidad Nacional de Colombia

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Andrés Pinzón