Ich habe das Template getestet - funktioniert in meinem Test-Blog einwandfrei. Das Problem muss in deinen Einstellungen vom Dashboard liegen.
Überprüf doch mal als erstes unter Dashboard › Einstellungen › Posts und Kommentare › Kommentarposition, was dort steht. Gegebenenfalls versuch es mal auf 'eingebettet' umzustellen.
Wenn das nichts bringt, dann stelle einen Post in den Editor und schau rechts außen unter Optionen nach, ob du Leserkommentare zugelassen hast. Ich kann mir zwar nicht vorstellen, wie das gehen soll, aber eventuell hat das Script die 'regulären' Kommentare abgeschaltet.
Im Dashboard kannst du in beiden genannten Bereichen die Kommentare ein.-/ausschalten. Nachdem das Layout okay ist, müsstest du eigentlich die Kommentare über das Dashboard zurück bekommen.