求助：可以把要比较的条件放在不同session中么？

[宋晓兰]

各位高手，我现在有个实验设计上的困难，想请教各位。

我知道最好是把要直接比较的两种条件放到同一个session内。但由于我实验的特殊性，放到同一个session内会互相干扰，一个条件必须在另一个条件之前完成，而且两种任务之间还有些其他的程序间隔着。所以，我想把两种条件放到不同的session内完成。block或者event都可以。然后比较不同的session，用配对T检验。这样可以吗？

 

宋晓兰

2008/8/20 cell <bnu...@gmail.com>

刚才看的太急，原来你做了好几种方法，现在一一解析一下。
你后面的两个方法都不对：

"第一次，把刺激改为12次，其他都是照抄"
首先是发现你所有刺激都用的run1.1D，这样肯定会产生多重共线，其次你是怎么分为12次的，难道这12次不对等，我只看到你输出第一个刺激的
irf

"第二次，试图用-stim_base连接起来"
这就更没道理了，除了stim1， 其它的都是base？

你原来的做法从面上看没什么问题，不知你说的"程序只使用了第一次刺激，只有一个峰（run1.1D有12个峰）",是怎么看出来的,能不能把你的
run1.1D贴出来看一下

晕了晕了，都被你整晕了，你的实验条件似乎没说太清楚，前后有矛盾。

我试图厘清你的实验设计，你看是不是这么一回事。
首先你用的是一种刺激，在一个run（session）里，这种刺激给予12次，这个run（session）有固定长度（比如180s，TR＝2s，
得到90个volume），
其次，给予方式是你的操纵因素，每个run的给予方式不同（12种方式？），每个run你都编了一个run.1D，然后合在一起构成一个
run1.1D (??)

On 8月20日, 上午10时30分, cell <bnu...@gmail.com> wrote:
> 你没加-maxlag，肯定看不到延迟的irf曲线
>
> On 7月29日, 下午12时12分, 王彦 <wangyan...@163.com> wrote:
>
>
>
> > 各位大侠：您好，小弟最近分析预实验结果，在试图求得.irf的时候碰壁，求助如何在这样的情况下得到.irf:
> > （由于用户手册上的模板和周边的人的实验里都是几种不同刺激，而小弟给予的刺激都是相同的（唯有给予方式不同-自己给予或别人给予），所以小弟一时不知如何照着--手册模板进行修改）
> > 我给予的是一个痛刺激（2s)，随机间隔（10-16s）给予12次，欲求这12次的.IRF。
> > 参考用户手册，我首先运行如下，
> > 3dDeconvolve -input run1+orig -num_stimts 1 -stim_file 1 run1.1D -stim_label 1 tanie -stim_minlag 1 0 -stim_maxlag 1 6 -iresp 1 tanie.irf -fitts tanie.fit -fout -rout -tout -bucket run1tanie.bucket
>
> > 虽然能运行，但从结果和1D看，程序只使用了第一次刺激，只有一个峰（run1.1D有12个峰）,所以应该是错了，不知如何才能让机器把12次刺激都读取进去--？谢谢大侠指点！
> > 图1：.irf 我看不懂。（此图的1D只在其最前端保存了第一个刺激，后面都是平的直线）
>
> > 图2和图3：是.fit
>
> > 试了两次其他的方案，都不能运行：第一次，把刺激改为12次，其他都是照抄
> > 3dDeconvolve -input run1+orig -num_stimts 12 -stim_file 1 run1.1D -stim_label 1 tanie -stim_file 2 run1.1D -stim_file 3 run1.1D -stim_file 4 run1.1D -stim_file 5 run1.1D -stim_file 6 run1.1D -stim_file 7 run1.1D -stim_file8 run1.1D -stim_file 9 run1.1D -stim_file 10 run1.1D -stim_file 11 run1.1D -stim_file 12 run1.1D -stim_minlag 1 0 -stim_maxlag 1 6 -iresp 1 tanie.irf -fitts tanie.fit -fout -rout -tout -bucket run1tanie.bucket
> > 报错如下：（前面省了十几条共线的报错，为何共线了？）
> > *+ WARNING: !! * Columns 17 and 18 are nearly collinear!
> > *+ WARNING: !! * Columns 17 and 19 are nearly collinear!
> > *+ WARNING: !! * Columns 18 and 19 are nearly collinear!
> > ++ Signal+Baseline matrix condition [X] (84x20):  13.1474  ++ VERY GOOD ++
> > *+ WARNING: !! in Signal+Baseline matrix:
> >  * Largest singular value=12.221
> >  * 11 singular values are less than cutoff=1.2221e-06
> >  * Implies strong collinearity in the matrix columns!
> > ++ Signal+Baseline matrix singular values:
> >   -3.01347e-15  -5.85325e-16  -2.09362e-16  -1.52309e-16  -3.40377e-17
> >   -1.99265e-17   1.03445e-17   7.87538e-17   1.07609e-16   2.07157e-16
> >    4.67827e-16     0.0707013      0.929171      0.936134             1
> >              1             1       1.03067       1.81228        12.221
> > ++ Signal-only matrix condition [X] (84x18):  3.61069  ++ VERY GOOD ++
> > *+ WARNING: !! in Signal-only matrix:
> >  * Largest singular value=12.0739
> >  * 11 singular values are less than cutoff=1.20739e-06
> >  * Implies strong collinearity in the matrix columns!
> > ++ Signal-only matrix singular values:
> >   -1.17054e-17  -4.78702e-48             0   1.14963e-51   1.43651e-50
> >    7.22648e-36   2.45849e-34    4.1963e-32    1.7064e-20   5.56431e-17
> >    5.14143e-16      0.926116             1             1             1
> >              1             1       12.0739
> > ++ Baseline-only matrix condition [X] (84x2):  1.13135  ++ VERY GOOD ++
> > ++ -polort-only matrix condition [X] (84x2):  1.13135  ++ VERY GOOD ++
> > *+ WARNING: !! Matrix inverse average error = 0.055  ** BEWARE **
> > ++ Matrix setup time = 0.09 s
> > ** ERROR: !! 3dDeconvolve: Can't run past 135 matrix warnings without -GOFORIT 0
> > ** ERROR: !!                Currently at -GOFORIT 0
> > ** ERROR: !! See file 3dDeconvolve.err for all WARNING and ERROR messages !!
> > ** ERROR: !! Be sure you understand what you are doing before using -GOFORIT !!
> > ** ERROR: !! If in doubt, consult with someone or with the AFNI message board !!
> > ** FATAL ERROR: !! 3dDeconvolve (regretfully) shuts itself down !!
>
> > 第二次，试图用-stim_base连接起来，
> > 3dDeconvolve -input run1+orig -num_stimts 12 -stim_file 1 run1.1D -stim_label 1 tanie -stim_file 2 'run1.1D[0]' -stim_base 2 -stim_label 2 tanie2 -stim_file 3 'run1.1D[1]' -stim_base 3 -stim_label 3 tanie3 -stim_file 4 'run1.1D[2]' -stim_base 4 -stim_label 4 tanie4 -stim_file 5 'run1.1D[3]' -stim_base 5 -stim_label 5 tanie5 -stim_file 6 'run1.1D[4]' -stim_base 6  -stim_label 6 tanie6 -stim_file 7 'run1.1D[5]' -stim_base 7 -stim_label 7 tanie7 -stim_file 8  'run1.1D[6]' -stim_base 8  -stim_label 8 tanie8 -stim_file 9 'run1.1D[7]' -stim_base 9  -stim_label 9 tanie9 -stim_file 10 'run1.1D[8]' -stim_base 10  -stim_label 10 tanie10 -stim_file 11 'run1.1D[9]' -stim_base 11 -stim_label 11 tanie11 -stim_file 12 'run1.1D[10]' -stim_base 12  -stim_label 12 tanie12 -stim_minlag 1 0 -stim_maxlag 1 6 -iresp 1 tanie.irf -fitts tanie.fit -fout -rout -tout -bucket run1tanie.bucket
>
> > 报错：（前面省了十几条共线的报错）
> > *+ WARNING: !! * Columns 17 and 19 are nearly collinear!
> > *+ WARNING: !! * Columns 18 and 19 are nearly collinear!
> > ++ Signal+Baseline matrix condition [X] (84x20):  12.0712  ++ VERY GOOD ++
> > *+ WARNING: !! in Signal+Baseline matrix:
> >  * Largest singular value=11.9922
> >  * 11 singular values are less than cutoff=1.19922e-06
> >  * Implies strong collinearity in the matrix columns!
> > ++ Signal+Baseline matrix singular values:
> >   -2.99695e-15  -5.88652e-16  -4.71378e-16  -1.14552e-16   4.64845e-19
> >    3.20962e-17   6.19767e-17   1.21364e-16   1.90919e-16   4.69492e-16
> >     9.9248e-16     0.0823003       0.92736      0.939014             1
> >              1             1       1.03283        2.0263       11.9922
> > ++ Signal-only matrix condition [X] (84x7):  1.30644  ++ VERY GOOD ++
> > ++ Baseline-only matrix condition [X] (84x13):  3.54245  ++ VERY GOOD ++
> > *+ WARNING: !! in Baseline-only matrix:
> >  * Largest singular value=11.0016
> >  * 10 singular values are less than cutoff=1.10016e-06
> >  * Implies strong collinearity in the matrix columns!
> > ++ Baseline-only matrix singular values:
> >   -1.06857e-16  -8.21806e-18   -1.8759e-31  -1.05109e-32   -1.3425e-50
> >    5.47839e-49   2.57415e-47   7.35396e-34    1.5778e-17   1.03146e-15
> >       0.876697       1.12168       11.0016
> > ++ -stim_base-only matrix condition [X] (84x11):  1  ++ VERY GOOD ++
> > *+ WARNING: !! in -stim_base-only matrix:
> >  * Largest singular value=11
> >  * 10 singular values are less than cutoff=1.1e-06
> >  * Implies strong collinearity in the matrix columns!
> > ++ -stim_base-only matrix singular values:
> >   -6.71592e-16  -2.74134e-33  -7.39008e-50   -3.1166e-80  -4.63859e-81
> >    4.49344e-65   2.52954e-64   8.96746e-48    7.6679e-32   8.17939e-16
> >             11
> > ++ -polort-only matrix condition [X] (84x2):  1.13135  ++ VERY GOOD ++
> > *+ WARNING: !! Matrix inverse average error = 0.0594243  ** BEWARE **
> > ++ Matrix setup time = 0.09 s
> > ** ERROR: !! 3dDeconvolve: Can't run past 59 matrix warnings without -GOFORIT 0
> > ** ERROR: !!                Currently at -GOFORIT 0
> > ** ERROR: !! See file 3dDeconvolve.err for all WARNING and ERROR messages !!
> > ** ERROR: !! Be sure you understand what you are doing before using -GOFORIT !!
> > ** ERROR: !! If in doubt, consult with someone or with the AFNI message board !!
> > ** FATAL ERROR: !! 3dDeconvolve (regretfully) shuts itself down !!
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