求助：关于-iresp;如何在这样的情况下得到.IRF
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王彦
Jul 29, 2008, 12:12:11 AM7/29/08
to 123xx...@googlegroups.com
各位大侠：您好，小弟最近分析预实验结果，在试图求得.irf的时候碰壁，求助如何在这样的情况下得到.irf:
（由于用户手册上的模板和周边的人的实验里都是几种不同刺激，而小弟给予的刺激都是相同的（唯有给予方式不同-自己给予或别人给予），所以小弟一时不知如何照着手册模板进行修改）
我给予的是一个痛刺激（2s)，随机间隔（10-16s）给予12次，欲求这12次的.IRF。
参考用户手册，我首先运行如下，
3dDeconvolve -input run1+orig -num_stimts 1 -stim_file 1 run1.1D
-stim_label 1 tanie -stim_minlag 1 0 -stim_maxlag 1 6 -iresp 1 tanie.irf -fitts
tanie.fit -fout -rout -tout -bucket run1tanie.bucket
虽然能运行，但从结果和1D看，程序只使用了第一次刺激，只有一个峰（run1.1D有12个峰）,所以应该是错了，不知如何才能让机器把12次刺激都读取进去？谢谢大侠指点！
图1：.irf 我看不懂。（此图的1D只在其最前端保存了第一个刺激，后面都是平的直线）
图2和图3：是.fit
试了两次其他的方案，都不能运行：
第一次，把刺激改为12次，其他都是照抄 3dDeconvolve -input run1+orig -num_stimts 12 -stim_file 1 run1.1D -stim_label 1 tanie -stim_file 2 run1.1D -stim_file 3 run1.1D -stim_file 4 run1.1D -stim_file 5 run1.1D -stim_file 6 run1.1D -stim_file 7 run1.1D -stim_file8 run1.1D -stim_file 9 run1.1D -stim_file 10 run1.1D -stim_file 11 run1.1D -stim_file 12 run1.1D -stim_minlag 1 0 -stim_maxlag 1 6 -iresp 1 tanie.irf -fitts tanie.fit -fout -rout -tout -bucket run1tanie.bucket 报错如下：
（前面省了十几条共线的报错，为何共线了？）
*+ WARNING: !! * Columns 17 and 18 are nearly collinear!
*+ WARNING: !! * Columns 17 and 19 are nearly collinear!
*+ WARNING: !! * Columns 18 and 19 are nearly collinear!
++ Signal+Baseline matrix condition [X] (84x20): 13.1474 ++ VERY GOOD ++
*+ WARNING: !! in Signal+Baseline matrix:
* Largest singular value=12.221
* 11 singular values are less than cutoff=1.2221e-06
* Implies strong collinearity in the matrix columns!
++ Signal+Baseline matrix singular values:
-3.01347e-15 -5.85325e-16 -2.09362e-16 -1.52309e-16 -3.40377e-17
-1.99265e-17 1.03445e-17 7.87538e-17 1.07609e-16 2.07157e-16
4.67827e-16 0.0707013 0.929171 0.936134 1
1 1 1.03067 1.81228 12.221
++ Signal-only matrix condition [X] (84x18): 3.61069 ++ VERY GOOD ++
*+ WARNING: !! in Signal-only matrix:
* Largest singular value=12.0739
* 11 singular values are less than cutoff=1.20739e-06
* Implies strong collinearity in the matrix columns!
++ Signal-only matrix singular values:
-1.17054e-17 -4.78702e-48 0 1.14963e-51 1.43651e-50
7.22648e-36 2.45849e-34 4.1963e-32 1.7064e-20 5.56431e-17
5.14143e-16 0.926116 1 1 1
1 1 12.0739
++ Baseline-only matrix condition [X] (84x2): 1.13135 ++ VERY GOOD ++
++ -polort-only matrix condition [X] (84x2): 1.13135 ++ VERY GOOD ++
*+ WARNING: !! Matrix inverse average error = 0.055 ** BEWARE **
++ Matrix setup time = 0.09 s
** ERROR: !! 3dDeconvolve: Can't run past 135 matrix warnings without -GOFORIT 0
** ERROR: !! Currently at -GOFORIT 0
** ERROR: !! See file 3dDeconvolve.err for all WARNING and ERROR messages !!
** ERROR: !! Be sure you understand what you are doing before using -GOFORIT !!
** ERROR: !! If in doubt, consult with someone or with the AFNI message board !!
** FATAL ERROR: !! 3dDeconvolve (regretfully) shuts itself down !!
第二次，试图用-stim_base连接起来， 3dDeconvolve -input run1+orig -num_stimts 12 -stim_file 1 run1.1D -stim_label 1 tanie -stim_file 2 'run1.1D[0]' -stim_base 2 -stim_label 2 tanie2 -stim_file 3 'run1.1D[1]' -stim_base 3 -stim_label 3 tanie3 -stim_file 4 'run1.1D[2]' -stim_base 4 -stim_label 4 tanie4 -stim_file 5 'run1.1D[3]' -stim_base 5 -stim_label 5 tanie5 -stim_file 6 'run1.1D[4]' -stim_base 6 -stim_label 6 tanie6 -stim_file 7 'run1.1D[5]' -stim_base 7 -stim_label 7 tanie7 -stim_file 8 'run1.1D[6]' -stim_base 8 -stim_label 8 tanie8 -stim_file 9 'run1.1D[7]' -stim_base 9 -stim_label 9 tanie9 -stim_file 10 'run1.1D[8]' -stim_base 10 -stim_label 10 tanie10 -stim_file 11 'run1.1D[9]' -stim_base 11 -stim_label 11 tanie11 -stim_file 12 'run1.1D[10]' -stim_base 12 -stim_label 12 tanie12 -stim_minlag 1 0 -stim_maxlag 1 6 -iresp 1 tanie.irf -fitts tanie.fit -fout -rout -tout -bucket run1tanie.bucket 报错：
（前面省了十几条共线的报错）
*+ WARNING: !! * Columns 17 and 19 are nearly collinear!
*+ WARNING: !! * Columns 18 and 19 are nearly collinear!
++ Signal+Baseline matrix condition [X] (84x20): 12.0712 ++ VERY GOOD ++
*+ WARNING: !! in Signal+Baseline matrix:
* Largest singular value=11.9922
* 11 singular values are less than cutoff=1.19922e-06
* Implies strong collinearity in the matrix columns!
++ Signal+Baseline matrix singular values:
-2.99695e-15 -5.88652e-16 -4.71378e-16 -1.14552e-16 4.64845e-19
3.20962e-17 6.19767e-17 1.21364e-16 1.90919e-16 4.69492e-16
9.9248e-16 0.0823003 0.92736 0.939014 1
1 1 1.03283 2.0263 11.9922
++ Signal-only matrix condition [X] (84x7): 1.30644 ++ VERY GOOD ++
++ Baseline-only matrix condition [X] (84x13): 3.54245 ++ VERY GOOD ++
*+ WARNING: !! in Baseline-only matrix:
* Largest singular value=11.0016
* 10 singular values are less than cutoff=1.10016e-06
* Implies strong collinearity in the matrix columns!
++ Baseline-only matrix singular values:
-1.06857e-16 -8.21806e-18 -1.8759e-31 -1.05109e-32 -1.3425e-50
5.47839e-49 2.57415e-47 7.35396e-34 1.5778e-17 1.03146e-15
0.876697 1.12168 11.0016
++ -stim_base-only matrix condition [X] (84x11): 1 ++ VERY GOOD ++
*+ WARNING: !! in -stim_base-only matrix:
* Largest singular value=11
* 10 singular values are less than cutoff=1.1e-06
* Implies strong collinearity in the matrix columns!
++ -stim_base-only matrix singular values:
-6.71592e-16 -2.74134e-33 -7.39008e-50 -3.1166e-80 -4.63859e-81
4.49344e-65 2.52954e-64 8.96746e-48 7.6679e-32 8.17939e-16
11
++ -polort-only matrix condition [X] (84x2): 1.13135 ++ VERY GOOD ++
*+ WARNING: !! Matrix inverse average error = 0.0594243 ** BEWARE **
++ Matrix setup time = 0.09 s
** ERROR: !! 3dDeconvolve: Can't run past 59 matrix warnings without -GOFORIT 0
** ERROR: !! Currently at -GOFORIT 0
** ERROR: !! See file 3dDeconvolve.err for all WARNING and ERROR messages !!
** ERROR: !! Be sure you understand what you are doing before using -GOFORIT !!
** ERROR: !! If in doubt, consult with someone or with the AFNI message board !!
** FATAL ERROR: !! 3dDeconvolve (regretfully) shuts itself down !!
cell
Aug 19, 2008, 10:30:23 PM8/19/08
to 心心水滴认知与脑
你没加-maxlag，肯定看不到延迟的irf曲线
On 7月29日, 下午12时12分, 王彦 <wangyan...@163.com> wrote:
> 各位大侠：您好，小弟最近分析预实验结果，在试图求得.irf的时候碰壁，求助如何在这样的情况下得到.irf:
> （由于用户手册上的模板和周边的人的实验里都是几种不同刺激，而小弟给予的刺激都是相同的（唯有给予方式不同-自己给予或别人给予），所以小弟一时不知如何照着-手册模板进行修改）
> 抓图1.jpg
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>
> 抓图2.jpg
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>
> 抓图3.jpg
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On 7月29日, 下午12时12分, 王彦 <wangyan...@163.com> wrote:
> 各位大侠：您好，小弟最近分析预实验结果，在试图求得.irf的时候碰壁，求助如何在这样的情况下得到.irf:
> 我给予的是一个痛刺激（2s)，随机间隔（10-16s）给予12次，欲求这12次的.IRF。
> 参考用户手册，我首先运行如下，
> 3dDeconvolve -input run1+orig -num_stimts 1 -stim_file 1 run1.1D -stim_label 1 tanie -stim_minlag 1 0 -stim_maxlag 1 6 -iresp 1 tanie.irf -fitts tanie.fit -fout -rout -tout -bucket run1tanie.bucket
>
> 虽然能运行，但从结果和1D看，程序只使用了第一次刺激，只有一个峰（run1.1D有12个峰）,所以应该是错了，不知如何才能让机器把12次刺激都读取进去-？谢谢大侠指点！
> 参考用户手册，我首先运行如下，
> 3dDeconvolve -input run1+orig -num_stimts 1 -stim_file 1 run1.1D -stim_label 1 tanie -stim_minlag 1 0 -stim_maxlag 1 6 -iresp 1 tanie.irf -fitts tanie.fit -fout -rout -tout -bucket run1tanie.bucket
>
> 201K查看下载
>
> 抓图2.jpg
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>
> 抓图3.jpg
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cell
Aug 19, 2008, 10:59:00 PM8/19/08
to 心心水滴认知与脑
刚才看的太急，原来你做了好几种方法，现在一一解析一下。
你后面的两个方法都不对：
"第一次，把刺激改为12次，其他都是照抄"
首先是发现你所有刺激都用的run1.1D，这样肯定会产生多重共线，其次你是怎么分为12次的，难道这12次不对等，我只看到你输出第一个刺激的
irf
"第二次，试图用-stim_base连接起来"
这就更没道理了，除了stim1， 其它的都是base？
你原来的做法从面上看没什么问题，不知你说的"程序只使用了第一次刺激，只有一个峰（run1.1D有12个峰）",是怎么看出来的,能不能把你的
run1.1D贴出来看一下
晕了晕了，都被你整晕了，你的实验条件似乎没说太清楚，前后有矛盾。
我试图厘清你的实验设计，你看是不是这么一回事。
首先你用的是一种刺激，在一个run（session）里，这种刺激给予12次，这个run（session）有固定长度（比如180s，TR＝2s，
得到90个volume），
其次，给予方式是你的操纵因素，每个run的给予方式不同（12种方式？），每个run你都编了一个run.1D，然后合在一起构成一个
run1.1D (??)
On 8月20日, 上午10时30分, cell <bnu...@gmail.com> wrote:
> 你没加-maxlag，肯定看不到延迟的irf曲线
>
> On 7月29日, 下午12时12分, 王彦 <wangyan...@163.com> wrote:
>
>
>
> > 各位大侠：您好，小弟最近分析预实验结果，在试图求得.irf的时候碰壁，求助如何在这样的情况下得到.irf:
> > （由于用户手册上的模板和周边的人的实验里都是几种不同刺激，而小弟给予的刺激都是相同的（唯有给予方式不同-自己给予或别人给予），所以小弟一时不知如何照着--手册模板进行修改）
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你后面的两个方法都不对：
"第一次，把刺激改为12次，其他都是照抄"
首先是发现你所有刺激都用的run1.1D，这样肯定会产生多重共线，其次你是怎么分为12次的，难道这12次不对等，我只看到你输出第一个刺激的
irf
"第二次，试图用-stim_base连接起来"
这就更没道理了，除了stim1， 其它的都是base？
你原来的做法从面上看没什么问题，不知你说的"程序只使用了第一次刺激，只有一个峰（run1.1D有12个峰）",是怎么看出来的,能不能把你的
run1.1D贴出来看一下
晕了晕了，都被你整晕了，你的实验条件似乎没说太清楚，前后有矛盾。
我试图厘清你的实验设计，你看是不是这么一回事。
首先你用的是一种刺激，在一个run（session）里，这种刺激给予12次，这个run（session）有固定长度（比如180s，TR＝2s，
得到90个volume），
其次，给予方式是你的操纵因素，每个run的给予方式不同（12种方式？），每个run你都编了一个run.1D，然后合在一起构成一个
run1.1D (??)
On 8月20日, 上午10时30分, cell <bnu...@gmail.com> wrote:
> 你没加-maxlag，肯定看不到延迟的irf曲线
>
> On 7月29日, 下午12时12分, 王彦 <wangyan...@163.com> wrote:
>
>
>
> > 各位大侠：您好，小弟最近分析预实验结果，在试图求得.irf的时候碰壁，求助如何在这样的情况下得到.irf:
> > 我给予的是一个痛刺激（2s)，随机间隔（10-16s）给予12次，欲求这12次的.IRF。
> > 参考用户手册，我首先运行如下，
> > 3dDeconvolve -input run1+orig -num_stimts 1 -stim_file 1 run1.1D -stim_label 1 tanie -stim_minlag 1 0 -stim_maxlag 1 6 -iresp 1 tanie.irf -fitts tanie.fit -fout -rout -tout -bucket run1tanie.bucket
>
> > 虽然能运行，但从结果和1D看，程序只使用了第一次刺激，只有一个峰（run1.1D有12个峰）,所以应该是错了，不知如何才能让机器把12次刺激都读取进去--？谢谢大侠指点！
> > 参考用户手册，我首先运行如下，
> > 3dDeconvolve -input run1+orig -num_stimts 1 -stim_file 1 run1.1D -stim_label 1 tanie -stim_minlag 1 0 -stim_maxlag 1 6 -iresp 1 tanie.irf -fitts tanie.fit -fout -rout -tout -bucket run1tanie.bucket
>
>
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王彦
Aug 25, 2008, 1:29:29 AM8/25/08
to 123xx...@googlegroups.com
非常感谢 总版主的详细回复！也非常抱歉现在才回复。。。
关于我的问题，我问了一下回京的某高手，答案是，虽然上述命令行只反应了第一个刺激的系统反应曲线，但是由于我们默认“线性时不变”，所以在我实验中，由于每个RUN的刺激相同，所以无需每个刺激的系统反应曲线都要看。（要看也能看，但很繁琐）
第二，至于我的实验条件，我是没有说的很清楚，抱歉。这样的：一个固定长度（180s）里刺激给予12次，两个刺激间隔不定，从10-16秒不等，避免共线。共4个RUN即4个条件。run1.1D就是run1的1D，并非4个1D的拼接。之所以没说清楚，可能是因为觉得主要想明白那个命令行输出的到底是什么？
第三，至于我“试图用-stim_base连接起来”，是没有道理的，因为我是菜鸟萨，嘿嘿，再次感谢CELL的回复！
关于我的问题，我问了一下回京的某高手，答案是，虽然上述命令行只反应了第一个刺激的系统反应曲线，但是由于我们默认“线性时不变”，所以在我实验中，由于每个RUN的刺激相同，所以无需每个刺激的系统反应曲线都要看。（要看也能看，但很繁琐）
第二，至于我的实验条件，我是没有说的很清楚，抱歉。这样的：一个固定长度（180s）里刺激给予12次，两个刺激间隔不定，从10-16秒不等，避免共线。共4个RUN即4个条件。run1.1D就是run1的1D，并非4个1D的拼接。之所以没说清楚，可能是因为觉得主要想明白那个命令行输出的到底是什么？
第三，至于我“试图用-stim_base连接起来”，是没有道理的，因为我是菜鸟萨，嘿嘿，再次感谢CELL的回复！
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