Adonai. Uma dica de como fazer isso é definir o seguinte no conf do apache:
DocumentRoot /opt/otrs/bin/cgi-bin/
<Location />
ErrorDocument 403 /
index.pl DirectoryIndex
index.pl AddHandler perl-script .pl .cgi
PerlResponseHandler ModPerl::Registry
Options +ExecCGI
PerlOptions +ParseHeaders
PerlOptions +SetupEnv
Order allow,deny
Allow from all
</Location>
Só que dar uma pesquisada na estrutura de arquivos do Apache do Debian, pois acho que esses valores ficam distribuídos nos arquivos e só adicionar esses valores em um conf novo pode não fazer efeito dependendo da ordem que o apache lê os arquivos.
Além disso, defina no seu Config.pm o seguinte:
$Self->{ScriptAlias} = '';