MCAST

[Agustina Pascual]

What are the parameters and e-value threshold that do you recommend to avoid false positives in the output of MCAST?
Im working with the --max-gap option, set for big distance.
Thanks!
Rgards,Agus

[CharlesEGrant]

An e-value threshold of 0.01-0.05 is traditional, but this is only a convention. You might consider using a q-value threshold. Both E-values and q-values are statistics of confidence adjusted for multiple testing. The q-value is less conservative than the E-value, but still conservative. The choice of the other parameters should mostly be dictated by the details of your experiment and the defaults are a decent starting point. The final MCAST results are not terrifically sensitive to the '--alpha' option, so I'd leave that at the default. 

[Agustina Pascual]

Thanks!!! :)

[Agustina Pascual]

Now, i have a problem!

when i run mcast by command line the program print in the windows the following message:
- L = nan f1 0.754289 f2 0.221404 c -1 mu1 0.487717 g_i 0.289731
 and the output have 2 characteristic_
1) is empty
or
2) the database didnt read completle 
any help?
Sorry for Q.

Regards!

[CharlesEGrant]

Could post the motif file and sequence file you are using along with the exact command line? That would help us troubleshoot the problem. If the sequence file is one of standard reference genomes you don't need to post that, just let us know which one you used.

[Agustina Pascual]

The command line is:
mcast --bgfile /home/laboratorio/Descargas/meme_4.11.2/markov_genome_DM --max-gap 200 --max-stored-scores 200000 --output-ethresh 1 --o /home/laboratorio/Escritorio/MCAST_RP_rho /home/laboratorio/Escritorio/Sitios\ de\ Binding/downloaddatabase_meme_dl_z /home/laboratorio/Escritorio/Sitios\ de\ Binding/Rp_twi_rho_d

the e-value threshold in some cases i use this value and in another the default value.

the sequence file is something as this (i couldn't copy all the file)

>twi_RP_atgUP
CAACGAGGAAGATGTACGGAATTTGCAAGATCCAGATTATTTGGAAATTATTATAATTGA
AGAAGCATATGTGTGAATTAGTGATCACGAAGATGATTTATGATGCTCGCACTAATTAGT
GTAGAGTAGCAAAAAATTACTCGTACATTGCTTAATTTTATGTAACATTTTTTCTTTTTG
TTTTGTGGGATCAAATTTTTGTTGTAAATGACAAAAACATCTTGAAATCTGATGCTTCTT
TTTTTTTGACGAATAAGCTCAATTTTACCTCTAATCAAGCAGTAACATATTTAAGGTCCT
CCATTTTAGGAATTCCAGGCCCCCACAAACTCTCACGGAACCTATTCATTTATTTACTTT
TTAATGCATTTTTGTCACGTCACTTTGTTATAATGAATTATTTTGCTGTACCTTATTTGT
TCCTACTGTCTTTTTTTCTATTATTATCCCGGTATCGCTTATAACTAATAAGAAATGAAC
TGAACTTTACTGAAAGTACATATCTCACTTTTTTAGAATCAAGGGGATCAATAACCTCCA
TCATTCCTTGTTGATGATTATAAAAGAATAGGGATTATATGTTGAGAAAAAATTAAATAA
ACAAATTGAGATTTAAAAACTTCAAAAAATAAGGTATAAAAAAGATTATATTGAAGAGGG
GTTTTATTTTACGATTCTTAAAATGACACCATTAAAAGAGAAATTTAATCGTTATTTTGG
TTATTTAAGAACTGGGAATGATTATTTTTAAATGAAGACAATTTTGAAATGCGTATTTGC
AATGTCTCAATGTCTATTCCCTTGACTGATGACCTTATTGTGACCTTACTCAAGTATGGA
TCTACTAAAATGCTCTTATCGTAAGTTAATTCAGTAGTTCTTCTTTAATTGAAATTAGTT
CCCCTATTGCCCAATTTATTCCAGTAATAAGCTGTTAATCCCTAAAAATCAGCCTTCACT
AAATGTAATATAAGAACAAGTGTTTAATTTAATGTTTGAAGTTCTTGATCTGCATCTATT
CTTTTAATCTGACAGCTTTATTTAGTTTGATTTGTGGGAGATGGCAATGTTGAAGTTGTA
GTGGTTACGTTAGTACTATTTACTCATCAAACATTCGTAATTTAAATGTTGAAACTCTTG
CTAACCATATAATTATCTGGAGACTTCTTAAAAGCATGTCTTTGTCAGTGAAATGCTGTA
ATTTATCAGTTTAAACTCTCTATTTATGCAGTTTACTAACTTCTTAAAAAGTATATTCAG
CATTAAATTTACAGGGTGGGGCAAAAGGTATGAACCGGTTTTAAAGGGATGTAAAACAAA
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TTACATTAAGTTTGAAAGATACCGGCCGTCAGCCGCGATGCACTCTTGACGGCGAATTCT
GAAGTTTTCAACCGCTCTTCTGCCCCTTTCGATGGGTATTGCCGTAACCTCCTCTCTGAT
TCTGTCCTTAAGTTCTTCTTGGGTATGTGGACGATGTTTAAAAACCTTTTCCTTTATGTA
CCCCCAAAGAAAAAAATCACAAATGCTCAAATCTGGTGAGCGCGCAGGCCACTCCACGTC
ACCGCTGAGTGCTATGTGACAATGTTGGAAGAGTTTTTTGAACCTGAGCTGGAAGAATTG
AGTGAAGCAACTAATCTGGGAGACATCTGGTTCCAACAGGATTTCAATGGCGAGATTGAG
GCAAGTGTTCCCCCAGCGCCTCGTCTCTTTGAGGGGTGACGTGGAGTGGCCTGCGCGCTC
NNNNNNNNNNGAGCGCGCAGGCCACTCCACGTCACCCCTCAAAGAGACGAGGCGCTGGGG
GAACACTTGCCTCAATCTCGCCATTGAAATCCTGTTGGAACCAGATGTCTCCCAGATTAG
TTGCTTCACTCAATTCTTCCAGCTCAGGTTCAAAAAACTTTTCCAACATTGTCACATAGC
ACTCAGCGGTGACGTGGAGTGGCCTGCGCGCTCACCAGATTTGAGCATTTGTGATTTTTT
TCTTTGGGGGTACATAAAGGAAAAGGTTTTTAAACATCGTCCACATACCCAAGAAGAACT
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TGAAAACTTCAGAATTCGCCGTCAAGAGTGCATCGCGGCTGACGGCCGGTATCTTTCAAA
CTTAATGTAAAAAACTAGATTCTGTACTGAATTAAACAATATAAACATAATTTCTGTAAG
ATGAATTGTTTTTGTTTTACATCCCTTTAAAACCGGTTCATTTGCCCCACTCTGTATTTA
GTAGAATACTGCAATGGAAGTAAAACTAGTTATCAATAATTCTGATTGGTTTCGTTTTAT
CCTCCATTGTTAAAACGCTACATCGTTTATATTTCAACGTTGGTTTCTCTTTAAATATTT
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AGATTTTATTTGTTAAAATTGTAATTATTACTAAATTCCTCTTTATTAGTTCTAATGACA
GATTTTCTCTTTTCTTTTCCCTTCCCTTTAACCTAAAATTTGATACATTTCCAGTTATAG
TAGCGCAACCACGAAGAAGTTTTTGTTGATTGCATGATGATAGCTTTACAGCGAGCCAGA
ACCGTACTAATTTTTTTTATTTAAAATAAATAAACTGCTAACTAATTCAGGCAATAATGT
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ATCTCCTTGGATTTTTCTCTTCGTAGGAGTCTCTAACAGCTCATTGCCCGTTGATGATCA
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GATAATTGTATTTAAATTGGCCTTTAGAAAATATTAAGTGACCTTAGAAAGTGAAATTGA
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TAAAATGATGTATATATAGTCTTTAGAAATTTGATTTAAGTCATGAAGTAAAACAAATGA
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TTCTATTACTTTATTTGTTAACCTTATATAAAGAATATTTTATTGATTGTGGCAAATAGT
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TTGAAGAAATTGTTTTTCTTATTCATTTTCCGGCTAAGTTAGGTTTTTGAACTGATTGTG
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ATTACCTTATTTTCTCAATTGTGGATAGAGTTATTTATTTATTAATTAATGTATTGTTAA
CTTATTTGCCCTCTTTCTTCGACGCTCCTCATCCATAAATGCGTATATCTCCATCTCTCT
ACTGATCTTCAAAACTAGTTTGTGCGGTTGCAACCACTCAGTTACCATAGTGTATATTAC
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ATTTCATTTTCTAGTATTTTTGTTGATTATATTTCTTTCCTTTTTTTTTTTTAACCAATC
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TTAGTACGACCCAAAATAAGAGGGAATAAACATCAAAGACTTGGCGGAGTAACTGGGTGA
GAATTTGTTTAAAAGTTAATAAACACCAGTTATAGAATAAATAGTGTTAGATTTAAGAAA
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TGCATACCAATATGTTGGTTTTTTCCAGCCCTCATATAAAGTAATTGGTTAATGTGCAAA
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GCATTATTTTATTTTTTATTTAATTAAGAGAAAATATATTTGTTCAATTGCCTTTACCTG
TTTTTGAGAAAAAAGTAATTTTTATTTTACCTATTGTAAAATTGTTAAAATTATTGTGAT
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TTAGATTAGAGTGAAAACAAATTTGAAATAAAATAAATCAAAAACGATGAAGAAAAATGA
TGTTGAAAATGGATGAATAGTTGAGATAAGAAAAATATGAACTACAGAAAGAAAAAAAAT
TGGTAAGAATATTGATAATGGGTTGTAAGATAGGAAAATGGGTTCTGTTGTGTTTAAAGT
TTAGGATGAGTAACGATGAGATGAGTAACGGATCCATTATTTAAAGAAGTTAACTGGTGA
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AAAAAATAACATGGTACGAAACGCTTAAAATTAAATACCTTAGTAAATTAGTTCAACGGT
TTCTACTCGTTGTCACGCTCCTACGCCACTGAAATATAGGTTCTGAATGTGATGTTTAAC
CCTCAGATCAGTCAAATAAACATTTTGAATTTTTGAATTATCATTTTATCTCGAAAAATA
TTTTACAAACTTTTTTTTAAGTAAATTATGAAGTTTCTTAATCTAAGTATGTGTTCTTAT
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GGTGATAATGCTATTCCCCTTCCTCCAAGAGACAGAACGAGATCACTTCTAGTTGGCAAA
CCTCGGCACGAAAGAAAGTATCCTCTTATCATCCCCACAGCGATTGCGCAGGCGTTATCG
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TAGTATAGTAATTTCTATTTCTGAAAGTAAATATTCTGTTCTGTTGATATTTTTTCCTTT
AGTGGGGTGCTTAAATAAAATATCCATTACTACGATCTGTTTGCATCTTTCTATTTTTGA
GTAGACCATTGTTAAGCTTTACGGTAATTAAAACTTTCATACGTTACTTCAAGTTCCACA
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TATTAGCAAATTTCTTTGAAAATGCACTAAAAATGCTGCGGACAGAGGGAGGAGGAGGTT
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GTTGAAGTCTGACTAGTAGAGGGCCACTACATTTAATCACGACAAACATGGCGATAAAGC
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TATTTGAATTAGACGGTTGACTTGCCCTCATTTTGCACAATGTTATGCAATTTTAAATCA
CTGCTTTGTTGGGAGCTGGATGTTAATGGTGGTCACCCTTTTGCTTAGCTTGGAAAGTGA
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TTATTTGGAAACTGAAGTTTTTTTCACCCCGTTTGCATATTTCATAATACACTGACGAAA
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TATATTTTCAAGGTTCTATTTACTTCTAGCATCTGCTTATCCCTGACTGCTGATCAAATT
AGTTTCGTTTTCTATTTAATTTTTTAAATTTCTGAAACTAATGTTTGACAGGAATCAGTG
TGATTTAAGGCCTCGTGATAACGAATACTGAATTTTCGGAAATTCCTATGACTGAAATCC
ATTTAAAATGTTTTTTAATTTACTTTCTAACAATGAAGTTCGGCTCGATTTTCTGGCGAA
CTATTAGGTTTCTTTTCAGTTTCCTCAATCCATGGTTTTATAAAGATTAAAATAAAATTA
AAATTCCCTCACCATCTCCTTACCTATTGCAGAAAGATAGTTGTCAATATTTACAGAGAA
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TATCATTGACCGTAAGCACCCGTCGTCAATAACAAATCCCATTTCATACATTTTCCTTAC
AATCAAACAACGTATTCAAAAGACATGTTCTAAATAATTAGCTTTCCACTAAGTAAAAAA
CATTGCCATACACTAAAAAATATTTATTATTTAGATTTTACATTAAATATGAATTAAAAT
ATGAGATTCTACCAAGTTGTGGTTTGGCCCGGAATACTAGCAATATTAAAGTTACGTAGA
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TGGCCTTACATAAAGACCGTTATTTCTCCCTTAGGCGCTAGCCACTTCTTCAACGATCTG
GGCGTCCCTGCGGGTTCCCCATCCTAACAACACTCACACTAACACCCCATAACCATCACC
CACCACATCTACCTGCAGAGGTAGTTGATATGTGCAGCTACTTGGGTTTAGCAAACTCAC
AGGAAACTCGAGCACATCACTGAAACACATTCATTCACACTTTGCAGACGATTACACACA
CTGTACGAACATGGACACGCATTCGTCGATAGTCGCAGTATAAATATCTCTTCCTGAAGG
CACCTGAAGGCAAGCCCTACTTCTGGGAATCGGCAAGGGATTATCGCCTCAGATGGATTC
CTAGAGTCAAGAAGGGGGCCACGGGTCGGAACCTGGTACCGGAACGTTGTCTTCCGTGGC
ACCAGACTATGACGAAGCGCGATGGTCTACCGGGTCAGTAATCGGTTCCATTTTAATGTT
CGAGAAGGCGAGACCAAGTGCTTCGATGAATTTTAAACGGTTAGAATGGATTATCATTTA
AATATCTCTGTTTTTCCTATTTTTCCTCTCCCATAAATCATAAATATATTAAAAATTCTA
CAATAAACGTGTTATGAAAATAGTAATCCTATTCATTATTGTCTACACATTTTCATAATT
TCGATGAGCACATTAGTGAGGAACGTTATTTTTTATTCAAAATTTTATACCTTCTCTTTC
TTCACGTAAGACAAGTAGATTGTATAGATTTTCGATTTTGAGTTTATACCGAAAACATCC
GTTTTATGTTCTCTGATTCTGAACAGAGTTAACTAATTGATGTGTATTTCTGTATTTGGT
GTAACTCGAACACAAAAACCGTACGAAGTCCAAATTTCATATTTGGTTTAAGTGTGAGGA
GTCTTGATATACGGTTTTAGACATAATTTATCACTCAATTGCATACACGAATGGACTAAA
TCATAGGAAAATTTGGGAGATAAGAACTATTATCCCGCCAAAGAACAACTGCAATCGTGC
TGAACGACTATTTCGTTCAAATAACATCTGAGTACAATTCAATTTATTTAAAGGTACCCC
TAAATTAAATACAAATTTTTACATAATTTTTCATGATTTCTTTTTACATTAGATAATTGA
TAACAATATAATGTATAATGAAACTGTACAAGAAGCATCACCCTTAAATTCGTAAAGAAC
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TTTAGAATAATAATAATAATAATAATACAAAAACGAAAATGAAAGAATACTCAGTTCAAT
ATAGAAATACAATAAGCATAACTACCCACAAAAAATCTGAAACTGAAAATTACATGGAGA
GGATAAGCAGTGAAACGAATACAAGCAACAAAAAACTAAATTTCAATTAATGTTTCTCAT
AGCTTAGTAATTTAAAGTGCAGATCAAGTAAAAGTTCACATTATGATATCTAAATGAATA
TTTTACTTCTGAAAAGTACAAGAAAGGAATGTAAAGTAGTTTAAAAGTAAAACAATTGAA
AATTACGGAAACAAAACAATATGAGGGCAGATTATAAATAACCAATGTTAATTATTCATA
CAATTTTTATACAAATAAAACCAAATCTAAAACTACTCGGGTTTTATCACCATGCCCAAA
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TTATATTTACATTAACTACTCCATCGGCGTGGTACCAACAACATATTTTACTGCAAAAAC
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ATCTGTAGATGATGCAGAACTCCCTAATTCTCCATTAATTCCGTTAACATCACCATTTAG
AGTTCCTAGACGTTCTAAACGACGTCGCTTTGCCTCTTCTTCTGCTTCTTCACGAGCTCG
CAATTCTCTTTTTATTTCCTAAACAAAAATTTAAATTAGCACAAATAACTAAATAATGAT
GTCTATATTTAAATGCGATTACTCAAAAATAGAAGATTTCAAAACTTGGTTGAACAAAAA
AATGCTCACATCAACGAGGCCGGGGAACTGTTCACAGAATTGTGGATCATTCAAATTAAA
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TCCGCTCCCCAGCTCTATTAACAATATCTGCAAAGGAGGACCGGGGTTGAAAGTCCCCAA
CATACTGCCTATCCAGACCAACTTTTAACGTTTTGACAGTCTTATTAGTATCTCAATTTT
CTCAATACGAAAAGGCTGAGATATTCCCTGTCTAAATTCATAATAACCCCTTACTTTTTT
TTATTATATTAATTAATTTATTAACACAAATCTGCTTAAAATCAGCACACGTCTTTCCTA
TTTTCTTTGCAGAAGAATCACAATTATGACTTTCTGCTCAACATCTAATGCTCCTACAAA
CCTCTCAAAATGTCTCACTCAGACTAGAGCTCAAGCAAAGTCTTGACCGTTTACGCCCAG
GAGTAACCCAGGAATCGTCCCGAGCCACCCCTTCCAGTGGATCAAAAATTTTAGTACTTT
CCACAGCAGTTCCTTTTTCACGCCTAAATCGCTCGGCCAAATCCAATTTGTATTAGAAGC
CATTTATAGTTTTAACGAAAAAGCACCGCTTAAACATATACACAAAAGGACTACGAGCAT
ATCCTCGCCGGGACGAATTAATAGGACTAGAGACCGTCCAACCTCCCTAGAACCAGTACT
ATTAGATAGAGTCGTACCCCCTGCCAACCACCTTCAGCGTACCATTACCAAGCCTTAGGG
AGCTATATGTATATAATGAAAATGACTCGTATATGAGAGTTTCTGAGAAAAAAATCGAAA
TAATGAAATAAAAAGCGGACTAGAATTCTCATGACAACTCTAGACCGAGCGATCATGGAT
TAACATTTTATGAACTCAACTTTTATAATCTCATCAATCGAGCGAGCATTCCAATATATT
TTCAAGAATGCTTGGCGAGCGAGAAAAATTAAGAGCTTCAGCTTTTGTTTGGGTTGGTTC
TTCCGAGACAAAATGTTGTGCTAATATTCATTGAGGTTGAAGGCAATAACGCATTTTAAT
TGCCAGCTGAACTGAATTTTTAAGCTGCCTTTTTTTTTTCTTTTTTTACTATTTCTATTT
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AATTTTCGCTATTTACATACCATAAAACTGAGAAGTCCAGTTAAAATTGTAGACACACTC
CAGGCAGGATTCCACATGTCAGGATGAAAATCGCTGATTGATAAGCAGAGCCTTGAATTC
ACTTTAAACCTAGACAAAATCATCATTAAATATTATTCTTGAATTGGAGAATTGAAATAT
ATCGTATAATACATTTATTTCGCAAGCTATTTTTATGATAAATTATAATCAGTACCTTCC
ATTTGGAGTTATCATATAGATGCTTGGAGGCTTAAATGGAAATTCTCGAGGAAAGATCAG
TTTACCGTGATACATCCCTCCTTCATAAGGAGAATTTTCTGGTCCCAAAACTACATAATG
CCTACAACAAAGTTTATAAATAAAACTTATATTTTAAGTTTAGAACGATTAAGATTTACA
TTTATGACATTAAAATTACAGTACTCAAGATCACAGTTAAAAACTTCATTTTATAAAGGG
TGTCTCAGTTTCTAATAGCCAACACTAAGAAACAAACTGTACAGTTCAAATGCAACAAAA
AAGTCTGGTAAAAATATTTACAAAATTTCTTCGTTCAGGAGTTATTTATTTTGTGTTTTT
ACAACTTTTCCCTTTCTTAAAGTATAAAATTGCAAATAATTTCAACAGTGCTGAGATTAC
AACAAATTCGACTGCACCATTTCAAAGTTGTAGGCACAAATTTATTTGACTACTGTTCTC
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CCTTTTTAGCTGGTTGAATGTGTAAAAAATTGACCATAATTTGTAAGATTTAATGCAGTT
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CTTTTATTCTACTTGTTTTTATTCTACAAATTTAACCGTGAACTTTCCTCTTAAACAACT
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TTTTTTTGAAAACTGAATCTGAACTTTGCAAAGAGATATTGCACTCAAAAGTGAGAAATG
AGTGAAATGTCCGAAAGAGACATTTTTTTTTGGAAGCATGCGTGTATCCTTCAAGAACGT
AAGAAAGATGTGACTTCAGTTTGAATGGTGTCAGCTGTCATTCTCATATCGAAAGCTACC
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ATGAGAATTAACTACAATGTTAATATTACTACATATTTATAAAAAGCTAGTAAATTTAGT
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CCTAAAGGTATACACATCCAATTTCTCGCCATTTCTTTGATTCTCTTAAAACCAATAGCT
TTCTTTAAATTAAAAAAGGCCAGAATGACAAAGTTCTTATTTTTCGTCTTTTAAAAATTT
AGCAGTTAAAAAAAAAAGAAGTAAATTTATTAAAACCAAGAGAAATATAATTGCGCTTCT
CTAAATATCATAAAGTATAATTCAGAAAGAGAAGGTTTTATTAAGCTGTTTAGGTAATGA
ATTATTTGAAGTACTCTTGCATCCTTCAGTTGAAGTGGTTACTGTTCAGTACCTGACCTA
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TTTAGGAGAAATTAGACAAACTGTGAAAGCTTACAATGGCCAGCACTTAAAAGGTTATCA
AACAAAAAATTTTCCTTTAACTATTAGCAGGATTGTTGATTGGTTAGAGAGTAGTAAATG
GCTGCCCAATTTGACCTGAGTATAGTTTGTGACCTAATACCTTGGAGTAGGTTATATAGA
GGTAGATAAAGGGGTGGTCGGAGGGACTGAGGTGCCGTCACTCTGCAGACAGTTGCCATT
CATTTGGGGGAGTCCAGGAATTCAGCCTTCTCCTCTCTCAAGCATCTGTCAGTTATATTT
CCTTTACAATAATGGCACCCAGGGGTTGTGGCCCCACCCTCAGGGGCTCTTGCTTTCCTT
CCCAGAAATTACATCCCAGTTTATTTATTATCATTGACTACTTTTTAGTTTATTTAGTTG
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AATTGTCGATTTTTTCCCCCTGACTTTTACGTCAGAGGGATTCCCTCCTCACGTCAAAGT
GATAAGAGATAATCCGTTAGTTTAGAATTGAATAATATAATTCCCTGCAAAGTGGTAATC
CGGATGTTTTATCGTTTAGCTAAATCCTGGAGCCTTATAAGTAATCTTTTAAAAATCTCA
AAAATTATTATTTAATTCAAGGTATGTTATCAACTGAGGTCACAGCCTTATTTCAATGCA
GCCGACAGTGCTCTCTGTCTCTCTCTTTACAGACAACAGTGTCCTTCACTCTGGACAGTG
AGCTGCAAAAAGGCTGCTAGAAACAGAAAAATCTAGAAAAAAGGCTAGTTTCTAATCCGG
GATCACAAAATGGGAACGCAGTGAAAACCACTAAGCTAATTCCCTTTACAACTTTCATGC
CCTTACTATTTTCTGGTACTAGATGAGTTTCCAACAAAATAATGTAGATTTTGTGCCTGT
AGGTAGACTATTAAATAAAACTTTTTCGTCATCTAGGTATAATACATACACGGAATTTGC
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GCTTTCGTCCATCTTTAGTACGAGGTGTGGCTATTAAATAACGAGACTGATGCTGCTGCA
GAAAAACTATGCATGCGCCAAATCCTAACGACCGACAGCTGTGCAGCGTAAAGCCTTCTC
TTTCAATTGCAGCGTCTCACGTGTTTGTAGAGAAATCTGTCTGACCGGAACCGTCGTTTG
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GAATTGTCGTAAAATTTCACATTAAAACTTGATAAAACCGCTACTGAAACTTATCTTTTA
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TCCAAAACGGATGAAAATATCGATTATAATCAATCAACACTATTACCGTGAGGTGCTTGC
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CAAAACAACGTGCCGGCATTGTCAGCCAAGACGTTTTTAGCCAAGTACAACATCCCAGTT
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((I have another sequences with the same FASTA format, both in an individual file (one sequence per file) as in a combine file (2 or more sequences))

and the motif file:
MEME version 4

ALPHABET= ACGT

strands: + -

Background letter frequencies (from uniform background):
A 0.25000 C 0.25000 G 0.25000 T 0.25000

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  0.243902      0.121951      0.292683      0.341463   
  0.341463      0.146341      0.048780      0.463415   

URL http://pgfe.umassmed.edu/TFDBS/TFdetails.php?FlybaseID=FBgn0004050


Thanks Charles!!!!

[CharlesEGrant]

You can attach a file to a post by clicking on the "Attach a file" link (marked with a paper clip icon) that appears above the posting text edit box. This generally works better than trying to cut and paste a huge sequence file into the body of a post.

We'll need both the sequence file and the motif file to troubleshoot the problem.

[CharlesEGrant]

Hi Agustina,

Using the files you forwarded to me I was able to run the command line you reported without any problem. You didn't provide the background file, so generated my own using the sequence file you provided.

Is it possible you have an old version of MCAST in your path? Try running 

which -a mcast

and 

mcast --version

and let us know what the output is.

I was also able to run almost the same command line using the MCAST web application, though the web application doesn't allow you to specify a custom background. However none of the matching segments had an E-value < 1.0, so no results were reported unless you set the E-value threshold to 10.0. You can  the output here.

[Agustina Pascual]

Thanks Charles!
My version is 4.11.2, This is old??