Cara, tenta antes fazer da seguinte forma:
setTimeout(function(){
$grid.isotope({
// options
});
},500);
Estes plugins de grids, as vezes não consegue carregar no tempo certo e acabam não conseguindo pegar os valores de largura e altura corretos.
Inserindo o setTimeout você consegue retardar a chamada e da o tempo suficiente para que o js consiga pegar a informações necessárias.
Aconteceu o mesmo problema comigo quando usei o plugin
Wookmark.
Caso não funcione, volta ai que tentamos de outra forma. \,,/_