O que decidimos foi de usar o EclipseLink. Migrar para o Hibernate pareceu bem simples, já que usam os mesmos objetos do JPA2. O que vão fazer é manter uma versão (branch) em paralelo com o Hibernate, prá checar se o sistema em funcionamento daria maiores problemas, por enquanto tudo é muito novo.
O que realmente aconteceu é que são muitas entidades Eager, e essas entidades Eager tem outras também, isso gerou um numero excessivo de consultas e o Hibernate não otimizou as consultas, chega a fazer Select na mesma tabela diversas vezes.
Mas o mais impressionante foi que os testes que fizemos com possíveis problemas com Lasy Exception nos 2 frameworks foi que o EclipseLink não deu a excessão fechando o EntityManager antes do Jsf ler as entidades em Lazy, já o Hibernate deu excessão.
Agora tenho outra discussão a respeito do EclipseLink, se vale a pena usar open-session-in-view nele.
Ps.: Quem citou esta pesquisa, eu já tinha visto antes. Como o que estou fazendo é ERP, Selects são mais importantes que Inserts no meu caso, há pouco processamento de grandes números de Inserts.
http://terrazadearavaca.blogspot.com/2008/12/jpa-implementations-comparison.html