Eu já e quando acontece isso, eu adiciono novas aplicações diretamente pelo arquivo glassfish/domains/domain1/config/domain.xml. Dentro desse arquivo procure pla tag <resources> e antes dela fechar COM , você pode adicionar:
<jdbc-connection-pool datasource-classname="org.postgresql.ds.PGSimpleDataSource" name="NOMEDOPOOOLDECONEXOES" res-type="javax.sql.DataSource">
<property name="User" value="USUARIO"></property>
<property name="Password" value="SENHA"></property>
<property name="DatabaseName" value="NOMEDOBANCO"></property>
<property name="ServerName" value="localhost"></property>
<property name="PortNumber" value="PORTADOBANCO"></property>
</jdbc-connection-pool>
<jdbc-resource pool-name="NOMEDOPOOOLDECONEXOES" jndi-name="jdbc/NOMEJNDI"></jdbc-resource>
Alí no final onde tem o NOMEJNDI, geralmente se coloca no nome da aplicação, ex: "jdbc/desmasist", mas vc já deve ter feito pela interface e sabe o que colocar.
Logo após fechar a tag </resources>, vai ter a abertura de outra chamada <servers> e vai estar mais ou menos assim:
<servers>
<server config-ref="server-config" name="server">
<application-ref ref="__admingui" virtual-servers="__asadmin"></application-ref>
<resource-ref ref="jdbc/__TimerPool"></resource-ref>
<resource-ref ref="jdbc/__default"></resource-ref>
<resource-ref ref="jdbc/sample"></resource-ref>
<resource-ref ref="jms/__defaultConnectionFactory"></resource-ref>
<resource-ref ref="concurrent/__defaultContextService"></resource-ref>
<resource-ref ref="concurrent/__defaultManagedExecutorService"></resource-ref>
<resource-ref ref="concurrent/__defaultManagedScheduledExecutorService"></resource-ref>
<resource-ref ref="concurrent/__defaultManagedThreadFactory"></resource-ref>
<resource-ref ref="jdbc/NOMEJNDI"></resource-ref>
</server>
</servers>
Veja que vc só vai alterar esse <resource-ref> e trocar essenome do recurso JDBC e essas coisas que tem antes podem ser diferentes aí já que se referem às configurações padrões do servidor. Depois disso, reinicie o glassfish, vá ao painel de administração e veja se essas configurações estarão lá. LEmbrando que o usuário atual precisa ter permissão total para ler e escrever no arquivo e se não tiver, toda vez que reiniciar o servidor, essas configurações são perdidas.