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Creo que lo mejor para generar una onda cuadrada es usar las compare output de los timers. Así no tenés que estar perdiendo tiempo/latencia manejando los GPIO en el irq handler.
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Bueno pero con un mismo timer podés generar más de una señal en función de las salidas match que tengas.El timer genera la base de tiempos, luego configurás cada match según la frecuencia que quieras.