Debido a otros problemas, he tenido que crear un proyecto nuevo e ir pasando las activitis del viejo al nuevo y adaptandolas, de momento va bien pero me he dado cuenta que al instalar la aplicación, me sale el icono duplicado, he estado buscando y he encontrado una respuesta aqui mismo, pero no me resuelve el problema, la respuesta dice que solo puede haber una activity que tenga el filtro de LAUNCHER efectivamente solo hay una, es mas, he quitado todas las demás del manifiest y me pasa lo mismo. Cuando desinstalo la aplicacion, se borran los dos iconos y al insalarla se vuelven a crear los 2, y con cualquier icono puedo acceder a la aplicación sin problemas.