Buenas Rodrigo,
Então cara, fiquei numa campanha pra tentar entender, e pelo que vi esse problema no scan dos controllers se deu pelo fato de que os projetos que são vinculados pelo maven como jars estavam com uma configuração errada...estavam com o plugin maven-war ao invés de maven-jar ..
O engraçado é que com as três aplicações que tinha na minha workspace, somente nesta dá problema. Por fim eu consegui resolver mas não tive tempo de avisar aqui.
Sobre a solução do meu caso
Por algum motivo, o processo scans dos controllers eram afetados por um problema de resolução de dependências não resolvidas, quando removi as referências para os projetos auxiliares (só com lógicas), o scan dos controllers ficavam OK, indo projeto a projeto e testando ajustei o item quando ao plugin padrão do maven de compilação para 'maven-jar-plugin'.
Os beans.xml estavam normais, sem exclusões e todos dentro de src/java/resources/META-INF/beans.xml.
@Rodigo, existe alguma forma para que no futuro, para quem tiver um enrosco semelhante a esse meu, pudesse ativar um log de debug pesado na inicialização do vraptor ou do processamento do weld por exemplo? O log com debug atual deixa as coisas meio vagas.
Se quiser posso auxiliar em alguns commits até mesmo testes.
Se quiser mais detalhes de como resolvi mando alguns gists ou até posto um exemplo.
Abraços.