INSTALAR LA VERSIÓN BETA DE WALLACE

[Magaly Mendoza]

Hola amigos de la plataforma Wallace

Quiero instalar la versión beta de Wallace, en R estudio hice correr los siguiente pero me sale error,, podrian ayudarme porfavor

# Instalar paquete remotes
install.packages('remotes')
# Instalar Wallace beta
remotes:install_github( https:://github.com/wallaceEcoMod/wallace/tree/multiSp )

Muchas gracias de antemano

Un gran abrazo y saludos desde Bolivia!!

--

Magaly Mendoza Apaza

Cel: 72544349

[wyclife oluoch]

Dear Magaly,

Try this:

You may need to install devtools package first.

install.packages("devtools")
devtools::install_github("wallaceEcoMod/wallace")
library(wallace)
run_wallace()

I got the codes from https://github.com/wallaceEcoMod/wallace

Bests,

Wyclife

--
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--

Oluoch, Wyclife Agumba

+254729371248

+4915217742479

wyclif...@gmail.com

s7wyoluo@uni-bonn.de

Profession:    EARTH SCIENTIST

Interests:       Plant Ecology, Species Distribution Modeling, Ethnobotany, Remote  Sensing & GIS, Machine Learning,  Climate Change   

"...stumbling, falling, and rolling forward, leave me with scars, but, reduce the distance to my destination..."

[Wallace Ecological Modeling App]

Hola Magaly,

Recuerda usar las comillas! Corre lo siguente para instalar la versión beta:

# Install Wallacev2
install.packages("remotes")

remotes::install_github("https://github.com/wallaceEcoMod/wallace/tree/multiSp")

# Load Wallace
library(wallace)
# Run Wallace
run_wallace()

Para instalar la versión v1.1, corre:

install.packages("wallace")
library(wallace)
run_wallace()

[Reinaldo Vargas]

Hola, segun se lee debes instalar Rtools tambien, sino devtools y remotes no funcionaran.

R

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[Magaly Mendoza]

Cargue:     rtools40-x86_64.exe  en mi compu y tambien probe con el script que me pasaron con las comillas y no logro abrir la versión Beta de Wallace

Por otro lado,, ahora tampoco la versión antigua de Wallace me funciona, es decir corre hasta el paso 5 nadamas, al intentar hacer el paso 6, que es correr el modelo con maxent, se cuelga... antes si logre hacer correr todo un procedimiento completo, pero ahora solo corre hasta el paso 5

Listening on http://127.0.0.1:7856

Restarting R session...

> install.packages("wallace")
WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding:

https://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtools/
Installing package into ‘C:/Users/USUARIO/Documents/R/win-library/4.1’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/4.1/wallace_1.1.0.zip'
Content type 'application/zip' length 1048173 bytes (1023 KB)
downloaded 1023 KB

package ‘wallace’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
C:\Users\USUARIO\AppData\Local\Temp\RtmpEpRU17\downloaded_packages
> library(wallace)
Loading required package: leaflet
Loading required package: shiny
> run_wallace()

Listening on http://127.0.0.1:5508
Warning: Navigation containers expect a collection of `bslib::nav()`/`shiny::tabPanel()`s and/or `bslib::nav_menu()`/`shiny::navbarMenu()`s. Consider using `header` or `footer` if you wish to place content above (or below) every panel's contents.
trying URL 'https://biogeo.ucdavis.edu/data/climate/worldclim/1_4/grid/cur/bio_2-5m_bil.zip'
Content type 'application/zip' length 129319755 bytes (123.3 MB)
downloaded 123.3 MB

* Running ENMeval v2.0.2 with legacy arguments. These will be phased out in the next version.
Warning: These arguments were deprecated and replaced with the argument "user.grp".
Registered S3 methods overwritten by 'adehabitatMA':
  method                       from
  print.SpatialPixelsDataFrame sp  
  print.SpatialPixels          sp  
*** Running initial checks... ***

* Model evaluations with user-defined 4-fold cross validation...

*** Running ENMeval v2.0.2 with maxnet from maxnet package v0.1.4 ***

  |=======                                                                                                    |   7%Warning: Error in data.frame: arguments imply differing number of rows: 1, 0
  2: shiny::runApp
  1: run_wallace

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[Andrea Paz]

Hola Magaly,

Creo que hay varios pasos aquí. Lo primero es que la instalación de RTools en Windows incluye otros pasos, las instrucciones las puedes encontrar aquí : https://github.com/wallaceEcoMod/wallace y aqui: https://stackoverflow.com/a/29480538/1274346

Despues de tener RTools en tu PATH como esta en esas instrucciones puedes instalar wallace desde GitHub. 

Si ya tienes instalada una version antigua te sugiero que primero la desinstales:

 remove.packages(“wallace”).

Después puedes instalar la version nueva con este código:  

install.packages(devtools)

devtools::install_github(“wallaceEcoMod/wallace/tree/multiSp”,dependencies=TRUE) 

Después de que esté instalado ya puedes cargarlo y correr Wallace

library(wallace)

run_wallace()

Espero que esto ayude,

Andrea

Andrea Paz, PhD

Postdoctoral Researcher

CrowtherLab, ETH Zürich
https://andrepazv.github.io

On Jan 24, 2022, at 9:03 PM, Magaly Mendoza <magalym...@gmail.com> wrote:

Cargue:     rtools40-x86_64.exe  en mi compu y tambien probe con el script que me pasaron con las comillas y no logro abrir la versión Beta de Wallace

Por otro lado,, ahora tampoco la versión antigua de Wallace me funciona, es decir corre hasta el paso 5 nadamas, al intentar hacer el paso 6, que es correr el modelo con maxent, se cuelga... antes si logre hacer correr todo un procedimiento completo, pero ahora solo corre hasta el paso 5

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[Magaly Mendoza]

Muchas gracias por seguir ayudandome

La verdad es que no entiendo mucho de programación (soy bióloga) y no se como instalar (Wallace) desde GitHub

[Gonzalo Pinilla-Buitrago]

Hola Magaly,

La información que mando Andrea es la correcta para instalar wallace desde GitHub. Aquí copio nuevamente en azul, las lineas de codigo que debes correr una por una en tu consola de RStudio (recomiendo que tengas actualizado R y RSTudio a sus últimas verisones).

remove.packages(“wallace”)

install.packages(devtools)

devtools::install_github(“wallaceEcoMod/wallace/tree/multiSp”, dependencies = TRUE) 

library(wallace)

run_wallace()

Quedamos pendientes a cualquier duda.

Saludos,

Gonzalo