Eu achei a solução.
Com ajuda do forum em Inglês, youtube, etc...
O jeito objetivo de fazer é simplesmente iniciar um shapefile para digitar os pontos, e usar a ferramenta 'field calculator' para criar um campo, com o valor 'NULL'. Assim, cada ponto que é adicionado abre uma janelinha para colocar a ID e então o valor de profundidade do ponto. Ao exportar o shapefile como CSV, usar a opção de exportar a geometrya 'AS_XY', por exemplo.
Mas eu descobri que isso não está funcionando no meu QGIS... ao fazer a exportação, só ia os valores digitados, sem as coordenadas. Tentei todas as opções... Porém, eu descobri que podia adicionar outros campos através das funções disponíveis. Do grupo 'Geometry', adiconei um campo para longitude '$x', e outro para latitude '$y', e então aparece na tabela de atributos os valores de longitude e latitude. O curioso é que ao exportar este shapefile, a opção de 'AX_XY' funciona, e eu fico com dois pares de coordenadas! Mas melhor que nenhum!
sds