Olá amigo, verifica se você não está usando o comando "
\thispagestyle{empty}", pois ele suprime as notas de rodapé, onde ficam as contagens ou tente pôr o comando "
\setcounter{page}{n}", onde n é o número de contagem inicial.
Se nenhuma das opções funcionar você pode alterar o modelo de paper para article (testei aqui em um artigo que tenho no ShareLaTeX, funcionou). Não recomendo, pois se você estiver utilizando um template de terceiros isso pode afetar a configuração do mesmo.
Agora queria saber se tem como mudar a posição da contagem, pois a minha está no meio do rodapé.
Espero ter ajudado.