Parece ser algo relacionado à fonte que se utiliza. Busquei na internet pelo erro e uma pessoa teve o mesmo e identificou que o problema dele estava em chamar o \mathbf{\Sigma}; na explicação da pessoa o mathbf parece setar um certo agrupamento da fonte onde o \Sigma indica um slot da fonte onde não há nada para o tal agrupamento. Assim a compilação não consegue resolver esse problema da fonte e dá um erro. A discussão em questão é essa:
https://tex.stackexchange.com/questions/219960/xdvipdfmx-errorEle não encontrou solução, mas achou uma maneira de "passar por cima" da situação. Ao chamar o fontspec ele passou a característica no-math: \fontspec[no-math]{fontspec}. Porém isso faz com que não apareça nada ao chamar o \mathbf{\Sigma} no texto.
Outro tópico com problema semelhante encontrou solução ao atualizar a distribuição dos pacotes e demais programas que se usa (MikTeX, TexLive, etc):
https://tex.stackexchange.com/questions/430054/failing-search-for-words-with-ligatures-after-updateEssas coisas das ligaduras tipográficas podem ser um problema também. Você chama um tipo de ligadura quando especifica [Ligatures=TeX]. Pode ser que o xetex não ache nada disso na fonte em questão e retorne erro. Pode tentar, antes de tudo, retirar essa opção e ver se compilar sem problemas e se os textos realmente vem sem nada inesperado. Eu já usei essas questões de ligaduras ao trabalhar com textos em latim e outras línguas que precisam de tipos de ligaduras, algumas raras, que vêm especificadas na fonte.
Se não resultar em nada tente, primeiro, atualizar a distribuição que utiliza.
Caso não resolva, tente fazer a mudança do primeiro tópico e leia seu texto para ver se nenhuma letra, comando está resultando em algo não esperado. Caso dê tudo certo, sempre ao compilar dê uma verificada no texto.