Dani, enquanto espero seu preâmbulo, dei uma olhadinha no classe ppgmc-uesc.cls, achei o seguinte
\bibliographystyle{abntex2-alf}
\usepackage[abnt-repeated-author-omit=yes, abnt-nbr10520=1988,alf,abnt-etal-cite=3,abnt-etal-list=0,abnt-etal-text=it, bibjustif, abnt-url-package=url,abnt-emphasize=bf, abnt-and-type=e, apud-italics=yes, abnt-doi=yes]{abntex2cite}
Ai estão definidas as configurações de sua bibliografia, então não precisa repetir configuração de bibliografia no preâmbulo...mas para isso funcionar tem que carregar a classe ppgmc-uesc, não pode ser a classe article, nem nenhuma outra....
Também achei o código
\usepackage[utf8]{inputenc}
nas linhas: 384, 440, 511,550. Isso é muito estranho, um comando básico desses repetido quatro vezes no arquivo de uma classe? Isso acendeu uma avenida de luzes vermelhas, provavelmente o problema está na classe, mas só poderei ter certeza quando me enviar o preâmbulo completo.
Com os melhores cumprimentos