Sí, hay muchos proyectos de código abierto al alero de empresas privadas, como Canonical, la empresa detrás de Ubuntu y bueno, otros proyectos como Chromium de Google y Visual Studio con Microsoft. Penpot igual está desarrollada por una empresa privada, aunque en manos de sus trabajadores.
Por mi parte, creo que no deberíamos seguir dependiendo de herramientas privativas, porque las empresas desarrolladoras unilateralmente pueden tomar cualquier decisión que perjudique nuestro trabajo: imagínense ahora si tuviéramos que obligatoriamente migrar todo el design system a Penpot 💥.
Sería mucho mejor que Penpot perteneciera a una fundación sin fines de lucro y su desarrollo dependiera 100% de la comunidad, como Blender. Pero definitivamente deberíamos adoptar y construir herramientas de software libre y de código abierto.