ajuda plot filogenia

[melina leite IB]

Oi pessoal,

por acaso alguém tem familiaridade com pacotes que fazem as figuras legais de árvore filogenéticas?

Eu estou usando o pacote phytools, mas empaquei com uma coisa que eu queria fazer e não consigo.

Usei a função contMap para fazer uma árvore circular colorida por um atributo (longevidade), mas não quero escrever os nomes das espécies nos Tips, porque são muitas. Então, pensei em colocar apenas as famílias com os nomes fora da árvore, como no exemplo em anexo.

Procurei e não descobri como faz isso, alguém tem alguma dica?

Abraços,

Melina de Souza Leite
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Bióloga MSc em Ecologia
Especialista em Laboratório
Dep. de Ecologia IB
Universidade de São Paulo (USP)

http://melinaleite.weebly.com/ 

[Gustavo Burin Ferreira]

Oi Melina,

tem um pacote novo baseado no ggplot chamado ggtree. Ele serve pra plotar ávores, e a parte de tree annotation dele é bem legal. O criador do pacote fez um tutorialzinho que deve te ajudar.

O phytools deve fazer isso também, mas não tenho muita familiaridade com ele. 

Qualquer coisa, grita!

Ari

Gustavo Burin Ferreira, Msc.
Instituto de Biociências
Universidade de São Paulo
Tel: (11) 98525-8948

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