No tengo el programa delante, pero creo recordar que eso lo hacía con la herramienta "Expression tool" (la de los matices).
Creaba en la categoría "Miscelanous" un nuevo texto, por ejemplo, "Sordina" y, creo recordar, le daba a "Propiedades" de "sordina" y en la pestaña "Playback" había un menú desplegable en el que podías configurar varios parámetros MIDI. El que te interesa para esto creo que es "Patch" o "Program". Tendrías que ponerle el número del sonido de la trompeta con sordina (el 60). El problema es que esto solo es válido si estas usando una fuente de sonido General MIDI. Si usas Garritan o cualquier fuente de sonido no General MIDI lo tendrás que hacer de otra forma.
Un saludo.
Ángel Enfedaque
Profesor de informática musical