Когда ссылка сломана, он показывает то, что видит. В глаза бросается.
Тем не менее, эту ошибку в книге я пропустил, потому что ее не было, при прогоне скрипта, а появилась она после.
Абзац, на котором висел маркер сноски, был изменен на цитату. В этот момент, как оказалось, тег сноски потерял саму ссылку #n_12 и тег принял вид <a l:href="" type="note">[12]</a>. При этом в режиме Body в FBE сноска выглядела обычно, правильно, верхним индексом, как маркеры и должны выглядеть.
Нашлась ошибка с помощью скрипта "Статистика ссылок, сносок и комментариев" из папки Статистика. Скрипт показал, что маркеров сносок меньше сносок-примечаний, за что его и
TaKir-а можно поблагодарить!
Правда, здесь, на мой взгляд, не совсем верное определение: маркер был на месте, тег был на месте, сломалась ссылка l:href="". Но ошибку скрипт определил. Поэтому использовать его в финале полезно!