Hola!
Pues resulta que soy mexicano, a pesar de que por mis apellidos la gente cree que soy extranjero, y de hecho hice mi preparatoria en la Prepa 8 de la UNAM y he usado varias veces el B/O Justo Sierra. Por cuestiones profesionales emigré hace unos años a Texas. Soy oceanógrafo químico y durante muchos años hice estudios de contaminación marina en el Golfo de México, usando muchas veces métodos multivariados como NMDS, RDA, CCA, etc.
Si decides usar 'vegan' o 'BiodiversityR' como estás usando R tienes a tu disposición 'ggplot2', y de hecho 'vegan' incluye varias gráficas usando ggplot2. Puedes copiar el código y modificarlas a tu gusto. De hecho algo que encuentro útil con 'vegan' es que si haces un PCA puedes generar una gráfica que encima un análisis GAM sobre los resultados, y puede ver muy fácilmente si los datos cumplen el requisito de linealidad que supone el PCA.
Saludos cordiales,
Gerardo