混合溶媒中の計算

[Yusaku Inaba]

開発者の皆様

ERmodコンパイルの時はお世話になりました、稲葉です。

混合溶媒中の溶媒和エネルギーを計算したいのですが、計算結果に戸惑っておりアドバイス頂けないでしょうか。

とある(疏水的な)溶質の水中、NMP(n-メチルピロリドン)中の計算をしました。原子間ポテンシャルはAM1-BCC+gaffを使っています。

cumulative average & 95% error for solvation free energy

水中：3.7490  ±0.2731

NMP中：-14.8954 ±1.7515

続けて水/NMP混合溶媒の計算をしてみました。

NMP300分子+水30000分子：-151.5669 ± 10.0669

NMP200分子 + 水30000分子：-137.6533 ± 7.7178

NMP100分子 + 水30000分子：-155.1610 ± 10.8233

NMP10分子 + 水30000分子：-155.7591 ± 8.3305

全く水中の溶媒和エネルギーに近づかないので、maxins100->10000、engdiv5->10にすると、

NMP10分子 + 水30000分子：-15.5435 ± 22.2791

更にms*max32->64にすると、

NMP10分子 + 水30000分子：-13.6365 ± 22.9751

Mesh errorが大きいというエラーはどの計算でもメッセージは出ていて、最後の計算では以下のような出力になっています。

 cumulative average & 95% error for solvation free energy

              total             1st component         2nd component

  1    37.9231                0.5517               37.3717

  2    20.8776    34.0909     0.3721     0.3591    20.5058    33.7318

  3    26.5312    22.6991     0.3770     0.2075    26.1546    22.5148

  4    14.7257    28.5500     0.4734     0.2423    14.2527    28.6371

  5     2.7933    32.5360     0.4573     0.1905     2.3363    32.5583

  6     2.3385    26.5811     0.5369     0.2226     1.8019    26.6053

  7    -7.2025    29.4755     0.5402     0.1882    -7.7424    29.4953

  8    -5.7248    25.6970     0.5815     0.1827    -6.3059    25.7047

  9    -9.2302    23.7223     0.6804     0.2552    -9.9103    23.7880

 10   -13.6364    22.9751     0.7510     0.2684   -14.3872    23.0838

 

 Warning: mesh error is    3.603 kcal/mol and is larger than the threshold value of    0.100 kcal/mol

妥当な計算結果に近づけるのにどこを注意したら良いのか教えて頂けるとありがたく存じます。

よろしくお願いいたします。

稲葉

[Nobuyuki MATUBAYASI]

稲葉様

阪大の松林です。NMPと水の混合溶媒になっていますが、NMPが凝集するなど、相分離のような状態になっていませんでしょうか？

2024年6月5日水曜日 6:43:00 UTC+2 Yusaku Inaba:

[Yusaku Inaba]

松林先生

ご返信、ありがとうございます。

上記記載のNMP200分子+水分子30000分子を使った計算では、数分子程度集まっている様子が見られるがまだ均一な印象。

NMP10分子 + 水分子30000分子を使った計算結果では、NMP少ないこともありほぼ均一に分布した状態で、今回比較したMD計算は相分離の影響が無さそうな結果使っております。

よろしくお願いいたします。

稲葉

2024年6月5日水曜日 16:07:25 UTC+9 Nobuyuki MATUBAYASI:

[Nobuyuki MATUBAYASI]

稲葉さん

まずは、均一とのことで良かったです。次にパラメータを確認させてください

水＋NMPの混合溶媒では、MolPrm1とMolPrm2の２つがsolnやrefsのディレクトリの中に生成されていると思います

水に対応する方のMolPrmは、水だけが溶媒となっている系のMolPrm1と同一であり

NMPに対応する方のMolPrmは、MNPだけが溶媒となっている系のMolPrm1と同一でしょうか？

そして、SltInfoは、全系について同一ですか？

また、混合溶媒系のMDinfoも見せていただけますか？

松林

2024年6月5日水曜日 11:42:55 UTC+2 Yusaku Inaba:

[Yusaku Inaba]

松林先生

お世話になっております。

MolPrm1の方、solnとrefs同じで、NMPのパラメータ

1      14.0100            n       N1 -0.4918 0.71128 0.325

2      12.0100           c3       C2 0.092 0.45773 0.339967

3      12.0100            c       C3 0.6985 0.359824 0.339967

4      12.0100           c3       C4 -0.0934 0.45773 0.339967

5      12.0100           c3       C5 -0.1584 0.45773 0.339967

6      12.0100           c3       C6 0.0963 0.45773 0.339967

7       1.0080           h1       H7 0.0427 0.0656888 0.247135

8       1.0080           h1       H8 0.0427 0.0656888 0.247135

9      16.0000            o       O9 -0.628501 0.87864 0.295992

10       1.0080           hc      H10 0.0802 0.0656888 0.264953

11       1.0080           hc      H11 0.0562 0.0656888 0.264953

12       1.0080           hc      H12 0.0562 0.0656888 0.264953

13       1.0080           hc      H13 0.0802 0.0656888 0.264953

14       1.0080           h1      H14 0.042367 0.0656888 0.247135

15       1.0080           h1      H15 0.042367 0.0656888 0.247135

16       1.0080           h1      H16 0.042367 0.0656888 0.247135

MolPrm2は水のみです。

1      16.0000     OW_tip4p       OW 0 0.64852 0.315365

2       1.0080     HW_tip4p      HW1 0.52 0 0

3       1.0080     HW_tip4p      HW2 0.52 0 0

4       0.0000           MW       MW -1.04 0 0

>水に対応する方のMolPrmは、水だけが溶媒となっている系のMolPrm1と同一

違うPCで計算していて、今は手元で確認できていません。

>NMPに対応する方のMolPrmは、MNPだけが溶媒となっている系のMolPrm1と同一でしょうか？

同じである事確認しました。

SltInfoもNMP中で計算した結果と混合溶媒用と同じ内容でした。

混合溶媒系のMDInfoです。

refs/MDinfo

1000 2

10 30000

16 4

soln/MDinfo

20000 3

1 10 30000

23 16 4

稲葉

2024年6月5日水曜日 21:06:18 UTC+9 Nobuyuki MATUBAYASI:

[Nobuyuki MATUBAYASI]

稲葉様

早速にありがとうございます

例えば、NMP200分子+水分子30000分子の系であれば、

NMPばかりが200個並び、その後に、水だけが30000個並ぶようにトラジェクトリが生成される必要があり、

また、200個のNMPの中での原始の並びや30000個の水分子のそれぞれでの原子の並びも同一である必要があります

この点は大丈夫なように見えます

ただし、cumulative averageが単調に変化しているので、平衡化の途上にあるように見えます

系の平衡化は大丈夫でしょうか？そして、solnとrefsで、ほぼ同じbox sizeに落ち着いていますでしょうか？

松林

2024年6月5日水曜日 14:35:42 UTC+2 Yusaku Inaba:

[Yusaku Inaba]

松林先生

ご返信ありがとうございます。

計算初期と最終構造のcellサイズです。

solution_run: 9.69156   9.69156   9.69156 -> 9.69333   9.69333   9.69333

solvent_run:9.68121   9.68121   9.68121 -> 9.69648   9.69648   9.69648

Boxサイズは極端に変な様子は無いのですが、

今の所、exampleの.mdpを使っていて、系の平衡化step数は不十分かもしれません。

計算step数増やして系を安定化し、cumulative averageの経過が安定していると妥当な結果と判断できそうでしょうか。

稲葉

2024年6月6日木曜日 0:27:01 UTC+9 Nobuyuki MATUBAYASI:

[Nobuyuki MATUBAYASI]

平衡化ですが、系の全エネルギーや全ポテンシャルエネルギーが落ち着いている必要があります。そこを確認してみてもらえますか

2024年6月6日木曜日 3:24:08 UTC+2 Yusaku Inaba:

[Yusaku Inaba]

松林先生

NMP10分子、水30000分子の結果から、

Totalエネルギー、potentialエネルギーのプロットを添付致しました。

ほぼ水のMDなので、大きな変化は見受けられないように思いましたが、如何でしょうか。

他にも確認すべき点ありましたらご指摘いただけると助かります。

よろしくお願いいたします。

稲葉

2024年6月6日木曜日 17:23:18 UTC+9 Nobuyuki MATUBAYASI:

[Nobuyuki MATUBAYASI]

稲葉様

松林です。確かにそうですね。系全体として見るとおかしなことはなさそうです。これまでに見せていただいたslvfe出力では、出力最後の方のcumulative averageがどんどんとマイナスになっています。slvfe出力の前の方にあるsolvation energy（溶質－溶媒相互作用の和）のcumulative averageも同様でしたでしょうか？

2024年6月7日金曜日 4:17:55 UTC+2 Yusaku Inaba:

[Yusaku Inaba]

松林先生

以前、投稿した結果のoutput記載しました。

気になる所コメント頂けると参考になります。

よろしくお願いいたします。

Nonbond calculation conditions (electrostatic, LJ) inconsistent

 Proceeding the calculation because force_calculation is set

 

  Number of the   1-th solvent  =           10

  Number of the   2-th solvent  =        30000

 

  Self-energy of the solute   =        -0.0003  kcal/mol

 

 

 cumulative average & 95% error for solvation energy

              total             1st component         2nd component

  1   -29.0331                0.0049              -29.0377

  2   -28.4854     1.0954     0.0028     0.0044   -28.4879     1.0997

  3   -28.5873     0.6644     0.0020     0.0030   -28.5890     0.6663

  4   -28.5971     0.4702     0.0037     0.0041   -28.6005     0.4717

  5   -28.5800     0.3658     0.0042     0.0033   -28.5840     0.3669

  6   -28.4202     0.4375     0.0039     0.0028   -28.4237     0.4387

  7   -28.4151     0.3699     0.0034     0.0025   -28.4182     0.3709

  8   -28.3027     0.3913     0.0029     0.0025   -28.3053     0.3927

  9   -28.3721     0.3720     0.0028     0.0022   -28.3746     0.3731

 10   -28.4326     0.3540     0.0026     0.0020   -28.4348     0.3547

 

 

 group    solvation free energy     error          difference

  total solvation free energy

   1           -11.47095          23.29627           2.16549

   2           -10.58003          23.76938           3.05641

   3           -13.63644          22.97515           0.00000

   4           -16.47639          22.08390          -2.83996

   5           -17.23913          21.90660          -3.60269

 

  contribution from  1-th solvent component

   1             0.79193           0.31468           0.04089

   2             0.78209           0.29516           0.03105

   3             0.75104           0.26841           0.00000

   4             0.74766           0.27796          -0.00339

   5             0.74090           0.26773          -0.01014

 

  contribution from  2-th solvent component

   1           -12.26256          23.42559           2.12460

   2           -11.36181          23.88319           3.02535

   3           -14.38716          23.08381           0.00000

   4           -17.22373          22.19211          -2.83657

   5           -17.97971          22.00993          -3.59255

 

 

 group   Estimated free energy: total (kcal/mol)

   1        41.1596       6.3319      39.9372     -18.1735     -43.0705

             4.8042     -63.6548       5.2718     -36.6712     -50.6443

   2        43.8982       7.0236      41.9594     -18.3714     -42.3296

             3.4488     -63.0705       8.4649     -35.2080     -51.6157

   3        37.9231       3.8322      37.8384     -20.6908     -44.9363

             0.0644     -64.4483       4.6191     -37.2737     -53.2925

   4        32.3810       1.9143      32.9270     -23.2595     -47.4626

            -2.7460     -65.8271       0.3094     -39.7006     -53.2999

   5        31.9369       0.5969      31.5290     -23.6956     -47.3699

            -4.0826     -65.9315      -0.7371     -39.9864     -54.6510

 

 group   Estimated free energy: 1-th solvent contribution (kcal/mol)

   1         0.5763       0.1510       0.3713       0.8463       0.4516

             0.9225       0.5293       0.8611       1.7817       1.4280

   2         0.5494       0.1626       0.4347       0.8137       0.4267

             0.9600       0.5188       0.8847       1.6543       1.4162

   3         0.5517       0.1926       0.3866       0.7627       0.3931

             0.9351       0.5598       0.8704       1.4720       1.3865

   4         0.5558       0.1894       0.3819       0.7510       0.3710

             0.9072       0.5390       0.8628       1.5578       1.3606

   5         0.5716       0.2088       0.3817       0.7693       0.3686

             0.8844       0.5102       0.8585       1.4498       1.4060

 

 group   Estimated free energy: 2-th solvent contribution (kcal/mol)

   1        40.5836       6.1811      39.5661     -19.0196     -43.5218

             3.8820     -64.1837       4.4110     -38.4526     -52.0720

   2        43.3492       6.8613      41.5251     -19.1848     -42.7559

             2.4891     -63.5891       7.5805     -36.8620     -53.0315

   3        37.3717       3.6399      37.4522     -21.4532     -45.3290

            -0.8704     -65.0078       3.7490     -38.7454     -54.6787

   4        31.8255       1.7252      32.5454     -24.0102     -47.8333

            -3.6529     -66.3658      -0.5531     -41.2581     -54.6602

   5        31.3656       0.3884      31.1476     -24.4646     -47.7382

            -4.9667     -66.4415      -1.5954     -41.4359     -56.0566

 

 

 cumulative average & 95% error for solvation free energy

              total             1st component         2nd component

  1    37.9231                0.5517               37.3717

  2    20.8776    34.0909     0.3721     0.3591    20.5058    33.7318

  3    26.5312    22.6991     0.3770     0.2075    26.1546    22.5148

  4    14.7257    28.5500     0.4734     0.2423    14.2527    28.6371

  5     2.7933    32.5360     0.4573     0.1905     2.3363    32.5583

  6     2.3385    26.5811     0.5369     0.2226     1.8019    26.6053

  7    -7.2025    29.4755     0.5402     0.1882    -7.7424    29.4953

  8    -5.7248    25.6970     0.5815     0.1827    -6.3059    25.7047

  9    -9.2302    23.7223     0.6804     0.2552    -9.9103    23.7880

 10   -13.6364    22.9751     0.7510     0.2684   -14.3872    23.0838

 

 Warning: mesh error is    3.603 kcal/mol and is larger than the threshold value of    0.100 kcal/mol

稲葉

2024年6月7日金曜日 17:15:01 UTC+9 Nobuyuki MATUBAYASI:

[Nobuyuki MATUBAYASI]

稲葉さん

ありがとうございます。solvation energyは問題なさそうです

> Nonbond calculation conditions (electrostatic, LJ) inconsistent

>  Proceeding the calculation because force_calculation is set

が出ていますね。solnおよびrefsでのparameters_erを見せていただけますか？両方をお願いします

そして、混合溶媒系で成分比を変えたものを2つ程度お願いします

松林

2024年6月8日土曜日 10:03:03 UTC+2 Yusaku Inaba:

[Yusaku Inaba]

松林先生

ご返信ありがとうございます。

soln/parameter_er

&ene_param

        slttype = 1,

        sltspec = 1,

        boxshp = 1,

        estype = 2,

        inptemp = 300,

        ljformat = 2,

        cmbrule = 0,

        ljswitch = 1,

        upljcut = 12,

        lwljcut = 10,

        cltype = 2,

        elecut = 12,

        screen = 0.260284,

        splodr = 6,

        ms1max = 64,

        ms2max = 64,

        ms3max = 64,

        engdiv = 10,

/

&hist

      eclbin=2.0e-2, ecfbin=0.5e-3, ec0bin=1.0e-5, finfac=2.0e0,

      ecdmin=-10.000000, ecfmns=-0.05e0, ecdcen=0.0e0, eccore=20.0e0,

      ecdmax=1.0e11, pecore=200

/

refs/parameter_er

&ene_param

        engdiv = 10, ! number of divisions of the total simulation length

        maxins = 10000, ! insertions for test solute particle

        slttype = 3, ! 3: test particle (reference solvent, flexible)

        boxshp = 1, ! 1: pbc

        estype = 2, ! 2: NPT

refspec = 2, 3 ! specifying the mixed solvent species for superposition reference

        inptemp = 300,

        ljformat = 2,

        cmbrule = 0,

        ljswitch = 1,

        upljcut = 12,

        lwljcut = 10,

        cltype = 2,

        elecut = 6,

        screen = 0.260284,

        splodr = 6,

        ms1max = 64,

        ms2max = 64,

        ms3max = 64,

/

&hist

      eclbin=2.0e-2, ecfbin=0.5e-3, ec0bin=1.0e-5, finfac=2.0e0,

      ecdmin=-10.000000, ecfmns=-0.05e0, ecdcen=0.0e0, eccore=20.0e0,

      ecdmax=1.0e11, pecore=200

/

eclbin、ecfbin、ec0bin、finfacは過去の記事から適当に変えてました。

> Nonbond calculation conditions (electrostatic, LJ) inconsistent

>  Proceeding the calculation because force_calculation is set

MDの結果をリンクにして再利用しているのですが、まれにinconsistentをエラーが出る時があり、

gen_inputの結果に差はなさそうなので(erdstの計算結果が勿体無くて)force_calculation使いました。

(MDリンク+parameterを変えて再計算とかした時に出る感じですが、遭遇回数はまだ少なく覚えてません)

混合溶媒の成分比を変えた水/NMP=100/30000、200/30000、300/30000のparameterは

デフォルトのparamter_erを書き換えてない結果です。

soln/paramter-er

&ene_param

        slttype = 1,

        sltspec = 1,

        boxshp = 1,

        estype = 2,

        inptemp = 300,

        ljformat = 2,

        cmbrule = 0,

        ljswitch = 1,

        upljcut = 12,

        lwljcut = 10,

        cltype = 2,

        elecut = 12,

        screen = 0.260284,

        splodr = 6,

        ms1max = 32,

        ms2max = 32,

        ms3max = 32,

        engdiv = 10,

/

&hist

      eclbin=5.0e-2, ecfbin=2.0e-3, ec0bin=2.0e-4, finfac=10.0e0,

      ecdmin=-20.000000, ecfmns=-0.20e0, ecdcen=0.0e0, eccore=20.0e0,

      ecdmax=1.0e11, pecore=200

/

refs_parameter_er

&ene_param

        slttype = 3,

        boxshp = 1,

        estype = 2,

        inptemp = 300,

        ljformat = 2,

        cmbrule = 0,

        ljswitch = 1,

        upljcut = 12,

        lwljcut = 10,

        cltype = 2,

        elecut = 12,

        screen = 0.260284,

        splodr = 6,

        ms1max = 32,

        ms2max = 32,

        ms3max = 32,

        maxins = 1000,

        engdiv = 5,

/

&hist

      eclbin=5.0e-2, ecfbin=2.0e-3, ec0bin=2.0e-4, finfac=10.0e0,

      ecdmin=-20.000000, ecfmns=-0.20e0, ecdcen=0.0e0, eccore=20.0e0,

      ecdmax=1.0e11, pecore=200

/

よろしくお願いいたします。

稲葉

2024年6月8日土曜日 17:18:39 UTC+9 Nobuyuki MATUBAYASI:

[Nobuyuki MATUBAYASI]

稲葉様

ありがとうございます。soln/parameters_erとrefs/parameters_erの組を２ついただいています

１つ目では、refs/parameters_erに

refspec = 2, 3 ! specifying the mixed solvent species for superposition reference

とあります。これは、何らかの構造との差を取るときに使うのですが、現在は必要なものですか？

また、soln/parameters_erでは　elecut = 12　であるのに対して

refs/parameters_er では　elecut = 6 となっています。この２つは揃っている必要があります

特に、refs/parameters_er での　elecut = 6 は静電相互作用のカットオフが 6オングストロームというわけで

短過ぎます

２組目の soln/parameters_erとrefs/parameters_erには特に問題はなさそうです

そして、

> 混合溶媒の成分比を変えた水/NMP=100/30000、200/30000、300/30000のparameterは

> デフォルトのparamter_erを書き換えてない結果です

とのことですが、gen_inputをした結果として出力されるsoln/parameters_erやrefs/parameters_erと一致していますか？

さらに、１組目の soln/parameters_erとrefs/parameters_erはどの系に使いましたか？

松林

2024年6月8日土曜日 11:28:11 UTC+2 Yusaku Inaba:

[Yusaku Inaba]

松林先生

丁寧に見ていただき、ありがとうございます。

1組目のsoln/parameters_erとrefs/parameters_erに関して、

wikiを見ながら調整可能なパラメータを追記していたのですが、refspecはよく分かってませんでした。必要ないのでコメントアウトしておきます。

elecutは直します。refsとsolnで合ってないミスに加えて、単位を勘違い(12nmではセルサイズより大きい?と思い変えたのですが12Åでした)してました。

>１組目の soln/parameters_erとrefs/parameters_erはどの系に使いましたか？

水/NMP=10/30000の結果です。2組目のsoln/parameters_erとrefs/parameters_erを使った結果もあり、一番最初の投稿にある”-155.7591 ± 8.3305”が計算結果です。

2組目のsoln/parameters_erとrefs/parameters_erに関して、

>gen_inputをした結果として出力されるsoln/parameters_erやrefs/parameters_erと一致していますか？

diffを取ると、

<         slttype = 1,

<         sltspec = 1,

---

>         slttype = 3,

<         engdiv = 10,

---

>         maxins = 1000,

>         engdiv = 5,

で、gen_inputの出力から書き換えてません。

サンプリング前のnptを長く緩和計算して、上記パラメータ修正して一旦再計算してどう変わるか見てみると良さそうでしょうか？

よろしくお願いいたします。

稲葉

2024年6月9日日曜日 2:41:29 UTC+9 Nobuyuki MATUBAYASI:

[Nobuyuki MATUBAYASI]

稲葉様

１組目のsoln/parameters_erとrefs/parameters_erはelecutが違うのでNGです

その結果もおかしなものとなっています

２組目のsoln/parameters_erとrefs/parameters_erは、gen_inputの出力のそのままだったのでしょうか？

そして、純水、純NMP、水/NMP=100/30000、200/30000、300/30000の５つについて、

全て、gen_inputの出力のそのままでしたか？

> サンプリング前のnptを長く緩和計算して、上記パラメータ修正して

> 一旦再計算してどう変わるか見てみると良さそうでしょうか？

その前に、現在のMD trajectoryを用いて、erdstとslvfeがどうだったか？です

erdstでのsoln/parameters_erとrefs/parameters_erですが、

gen_inputで得られたものを、そのまま使ってみてもらえますか？

この際、gen_inputは、それぞれの系のsolnとrefsで毎回やり直していただいた方が

どこで誤りがあったかが分かりやすいと思います

松林

2024年6月9日日曜日 3:05:15 UTC+2 Yusaku Inaba:

[Yusaku Inaba]

松林先生

現在のMD計算結果を使ってermod計算し直してみてます。

soln/parameters_erとrefs/parameters_erはgen_inputで作り直しておりが、どれも同じ出力である事を確認しました。(6/8 18:28のメール後半記載と同じ)

・水/NMP=10/30000

 cumulative average & 95% error for solvation free energy

              total             1st component         2nd component

  1  -165.9307                0.3199             -166.2190

  2  -167.0416     2.2219     0.2390     0.1618  -167.2490     2.0601

  3  -166.5167     1.6576     0.2995     0.1528  -166.7846     1.5091

  4  -162.1727     8.7667     0.3491     0.1467  -162.4902     8.6548

  5  -158.1786    10.4846     0.3598     0.1156  -158.5067    10.4123

  6  -158.3326     8.5662     0.3881     0.1101  -158.6891     8.5094

  7  -154.3295    10.7941     0.3801     0.0944  -154.6780    10.7739

  8  -156.3278    10.1665     0.4044     0.0952  -156.7006    10.1697

  9  -156.5713     8.9792     0.4672     0.1511  -157.0070     8.9897

 10  -155.6916     8.2217     0.5291     0.1832  -156.1891     8.2054

 Warning: mesh error is   56.009 kcal/mol and is larger than the 95% error of    8.222 kcal/mol

・水/NMP=100/30000

 cumulative average & 95% error for solvation free energy

              total             1st component         2nd component

  1  -172.4039               -1.7723             -170.5990

  2  -167.0411    10.7257    -1.6823     0.1801  -165.3262    10.5456

  3  -161.7147    12.3219    -1.6127     0.1736  -160.0693    12.1494

  4  -152.6832    20.0546    -1.4994     0.2579  -151.1512    19.7974

  5  -153.0180    15.5486    -1.5061     0.2002  -151.4793    15.3490

  6  -157.0734    15.0652    -1.5206     0.1660  -155.5202    14.9123

  7  -155.4031    13.1634    -1.5148     0.1408  -153.8556    13.0355

  8  -152.6647    12.6472    -1.4576     0.1672  -151.1744    12.4980

  9  -153.1152    11.1901    -1.3768     0.2188  -151.7057    11.0733

 10  -155.1551    10.8083    -1.4299     0.2227  -153.6926    10.6717

Warning: mesh error is   56.809 kcal/mol and is larger than the 95% error of   10.808 kcal/mol

・水/NMP=200/30000

cumulative average & 95% error for solvation free energy

              total             1st component         2nd component

  1  -131.8907               -3.2712             -128.5858

  2  -140.3172    16.8531    -3.3834     0.2244  -136.9001    16.6287

  3  -147.2401    16.9228    -3.3561     0.1405  -143.8502    16.8934

  4  -143.8345    13.7690    -3.5301     0.3619  -140.2706    13.9265

  5  -144.6249    10.7819    -3.5010     0.2863  -141.0901    10.9113

  6  -140.6333    11.8841    -3.6243     0.3397  -136.9752    12.1285

  7  -138.9313    10.6051    -3.6705     0.3016  -135.2270    10.8304

  8  -138.4727     9.2299    -3.6614     0.2619  -134.7775     9.4224

  9  -138.8523     8.1754    -3.6662     0.2312  -135.1523     8.3435

 10  -137.6201     7.7164    -3.5637     0.2912  -134.0226     7.7971

Warning: mesh error is   49.006 kcal/mol and is larger than the 95% error of    7.716 kcal/mol

・水/NMP=300/30000

 cumulative average & 95% error for solvation free energy

              total             1st component         2nd component

  1  -165.2796               -3.1190             -162.1257

  2  -151.1887    28.1817    -3.3987     0.5594  -147.7551    28.7412

  3  -151.3881    16.2756    -3.1762     0.5500  -148.1770    16.6152

  4  -158.3974    18.1374    -2.7769     0.8882  -155.5856    18.9097

  5  -161.2035    15.1287    -2.7516     0.6899  -158.4169    15.7039

  6  -156.9589    14.9883    -2.9141     0.6503  -154.0099    15.5595

  7  -155.5678    12.9693    -3.0164     0.5865  -152.5165    13.4851

  8  -154.6977    11.3658    -3.2416     0.6788  -151.4212    11.8821

  9  -152.3025    11.1096    -3.2817     0.6040  -148.9859    11.5556

 10  -151.5289    10.0564    -3.2046     0.5618  -148.2894    10.4291

 Warning: mesh error is   58.073 kcal/mol and is larger than the 95% error of   10.056 kcal/mol

計算をFOCUSでやり直しいて、少し値は違います(以前はmacで計算)が最初のメールで連絡しました”水/NMP混合溶媒の結果”に近いかと思います。

引き続き、純水、純NMPを確認中です。

よろしくお願いいたします。

稲葉

2024年6月9日日曜日 16:31:50 UTC+9 Nobuyuki MATUBAYASI:

[Nobuyuki MATUBAYASI]

稲葉様

早速にありがとうございます。どうにも結果がおかしいですね

水/NMP=300/30000だけで結構ですので、soln/engsln.XXおよびrefs/engref.XXを送ってきていただけますか？

solnの場合はXXに01〜10があり、refsではXXに01〜05がありますが、それでも良いです

> 引き続き、純水、純NMPを確認中です。

承知しました

松林

2024年6月12日水曜日 13:08:34 UTC+9 Yusaku Inaba:

[Nobuyuki MATUBAYASI]

稲葉様

前のメールにて

> solnの場合はXXに01〜10があり、refsではXXに01〜05がありますが、それでも良いです

と書き、「それでも良いです」とありますが、「どれでも良いです」の間違いです

松林

2024年6月12日水曜日 19:26:49 UTC+9 Nobuyuki MATUBAYASI:

[稲葉祐策]

松林先生

お世話になります。

>水/NMP=100/30000、200/30000、300/30000

すいません、間違えました。NMP/水=100/30000、200/30000、300/30000です。

NMP/水=300/30000のsoln/engsln.01、refs/engref.01を添付します。

ご確認頂けると幸いです。

よろしくお願いいたします。

稲葉

[Nobuyuki MATUBAYASI]

稲葉様

engsln.01とengref.01をエネルギー＝０の近傍でプロットしたものを添付します

紫がsoln系における溶媒水の分布、緑がrefs系における溶媒水の分布、

青がsoln系における溶媒NMPの分布、黄がrefs系における溶媒NMPの分布の分布です

エネルギー＝０の近傍では、各溶媒種について、solnでの分布とrefsでの分布がほぼ同じである必要がありますが、

今回は、そうなっていません（おそらく、純水溶媒や純NMPでは、エネルギー＝０の近傍でsolnとrefsの分布がほぼ同じと思います）

soln系とrefs系の計算の設定が何かおかしいことを意味しています

これまでに思いついた可能性は、以下のとおりです

１）solnとrefsで力場が違う場合 ------> それは無いと思います

２）solnとrefsでカットオフなどの設定が違う場合 -----> すでに、parameters_erの中身をご確認いただきました

３）solnとrefsでbox sizeが違う -----> これもご確認いただいたと思います

４）solnとrefsでboxの形状が違う -----> 両方とも立方体ですよね？

５）２つの溶媒成分（水とNMP）が分離している -----> これも、すでにご確認いただきました

６）solnとrefsで、溶媒の順序が違う ------> もし違えば、もっとおかしなことになっていると思います

７）soln系で、溶質の指定を間違っている ----> MDinfoを見ると無さそうです

ともあれ、純水溶媒と純NMP溶媒の結果を、一旦、お待ちします

純水溶媒と純NMP溶媒の結果が出たら、slvfe出力の全体をお送りください

松林

[Yusaku Inaba]

松林先生

お世話になっております。

水中の計算を計算をやり直したら、-156.4638  ± 8.6177になりました。

以前の結果(3.7490±0.2731)はエタノールのexampleから書き換えたtopologyファイル、今回のは混合溶媒用に作り直してこれまでの計算に用いたファイルを使いました。

恐らくtopologyファイルに間違いがあるようなので改めて見直し、以前の結果を再現してからご報告させて頂ければと思っております。(水中、NMP中、混合溶媒)

NMP中も同じ状況ですが、npt計算が安定しなくて苦戦しておりました。

よろしくお願いいたします。

稲葉

2024年6月13日木曜日 14:30:56 UTC+9 Nobuyuki MATUBAYASI:

[Nobuyuki MATUBAYASI]

稲葉様

> 水中の計算を計算をやり直したら、-156.4638  ± 8.6177になりました。

これも誤差が大きいですね

> 恐らくtopologyファイルに間違いがあるようなので改めて見直し、以前の結果を再現してからご報告

承知しました

よろしくお願いします

松林

2024年6月16日日曜日 19:49:06 UTC+9 Yusaku Inaba:

[Yusaku Inaba]

松林先生

お世話になっております。

Topologyファイルを作り直して(溶質、NMP、水を含むtopologyを作り、[molecules]の行だけ分子数を書き換えて各.topにする。ermodの条件はgen_inputから書き換えていないdefault)水中の計算をやり直したら、3.6466±0.1695になりました。

大きな問題はtopologyファイルをそれぞれ書き直しながら作っていたら、読めてなない所があるようでした。(以前のgromacsではwarningも有りました。MDは動いており、MolPrm1も合っていそうなので大丈夫かと思っていました。)色々ご意見頂きまして恐縮です。ありがとうございました。

NMP中の溶質は-15.1891±0.5048(以前は-14.8954 ±1.7515)も大体良さそうです。

同じファイルを使って混合溶媒の計算をやりました。

水/NMP(分子数)=3000/10　-2.2529 ±0.9315 Warning: mesh errorあり

水/NMP=3000/100　-5.1963  ±1.2041  mesh error表示なし

水/NMP=3000/200　-4.4210 ±1.0551 Warning: mesh errorあり

水/NMP=3000/300　4.0983  ±0.5428 mesh error表示なし

以前のような不自然な値ではなくなりましたが、

現MDスナップショットの元では妥当と解釈して良いのか、注意すべき点ございますでしょうか。

slvfe出力最後の’solvation free energy’で、NMPは常に正の値で、水は水/NMP=30000/300を除いてマイナスでした。

例えば水/NMP(分子数)=30000/10では「ほぼ水と同じ結果になりそう」と思っていたのが意外でした。

その他、mesh errorは出ているので、’mesh増やす’’サンプリング回数増やす’は確かめみようかと考えています。

よろしくお願いいたします。

稲葉

2024年6月17日月曜日 16:29:36 UTC+9 Nobuyuki MATUBAYASI:

[Nobuyuki MATUBAYASI]

稲葉様

mesh errorが出ているケースもあるようですが、どの程度でしたでしょうか？

混合溶媒の計算は、まだ検討の余地があろうかと思います。書いておられるように

水/NMP(分子数)=3000/10の結果は、純水溶媒の結果から随分と離れているように見えます。

また、NMPの分子数を増やした結果が、単調に変化しないことも気になります

（単調で無いとおかしい、というわけではありませんが、上がったり下がったりし過ぎのように見える、ということです）

そして

> slvfe出力最後の’solvation free energy’で、NMPは常に正の値で、水は水/NMP=30000/300を除いてマイナス

というのも、純水溶媒および純NMP溶媒の結果からすると気になる点です

松林

2024年6月22日土曜日 19:27:51 UTC+9 Yusaku Inaba:

[Yusaku Inaba]

松林先生

お世話になっております。

>mesh errorが出ているケースもあるようですが、どの程度でしたでしょうか？

水/NMP(分子数)=3000/10 ：Warning: mesh error is    0.158 kcal/mol and is larger than the threshold value of    0.100 kcal/mol

水/NMP(分子数)=3000/200 ：Warning: mesh error is    0.292 kcal/mol and is larger than the threshold value of    0.100 kcal/mol

水/NMP(分子数)=3000/10でNMP分子の分布に偏りないか確認したら、現時点では溶質と接していないところに満遍なく分布しているようでしたが若干空隙が残っていて、NPT(圧縮)を加えて再度確認しようと思います。

よろしくお願いいたします。

稲葉

2024年6月23日日曜日 17:53:58 UTC+9 Nobuyuki MATUBAYASI:

[Yusaku Inaba]

松林先生

お世話になっております。

NPT(圧縮)を加えてから計算したところ、

水/NMP(分子数)=3000/10　4.1652   ±0.3582  mesh error表示なし

水/NMP=3000/100　          5.2136   ±0.4271  mesh error is    0.376 kcal/mol

水/NMP=3000/200　         3.7504   ±0.4595 mesh error is    0.394 kcal/mol

水/NMP=3000/300.        　2.6792   ±0.5998 mesh error is    0.262 kcal/mol

となりました。まだmesh errorはあるものの、不自然な値の要因大部分はMD由来だったようで恐縮です。

’mesh増やす’、’サンプリング回数増やす’と併せて、'水/NMP比率全体の変化'も見ようかと考えています。

よろしくお願いいたします。

稲葉

2024年6月24日月曜日 21:32:08 UTC+9 Yusaku Inaba:

[Nobuyuki MATUBAYASI]

稲葉様

> mesh増やす

これは、insertionの回数を増やす（例えば、referenceのMDを長くする）という意味でしょうか？
であれば、典型的なmesh errorの軽減法です

> サンプリング回数増やす’と併せて、'水/NMP比率全体の変化'も見ようかと考えています

了解です

松林

2024年6月26日水曜日 22:18:05 UTC+9 Yusaku Inaba:

[Yusaku Inaba]

松林先生

水/NMP比率を変えてみました。

NMPモル比=0.08 -3.7338  ±0.6696 

NMPモル比=0.18  -8.1170 ±0.4183 

NMPモル比=0.22  -9.3657  ±0.4168 

NMPモル比=0.37  -10.4262 ±0.5382

今の所、不自然でない感じで計算できているように思いますが、相変わらず幾つかmeshエラーも見られています。(モル比=0.08、0.18)

以前、メッシュエラーが出ていた”水/NMP=3000/100”を使って、パラメータを変えてみました。

(水/NMP=3000/100　gen_input変更無し     5.2136   ±0.4271  mesh error is    0.376 kcal/mol)

・ms*max = 32 -> 64(defaultから変更したところ)

10     5.1747     0.3984    -2.2933     0.2730     7.4683     0.4247

 Warning: mesh error is    0.456 kcal/mol and is larger than the 95% error of    0.398 kcal/mol

・maxins = 1000 -> 2000(defaultから変更したところ)

10     5.3698     0.4380    -2.1820     0.2628     7.5912     0.4678

 Warning: mesh error is    0.402 kcal/mol and is larger than the threshold value of    0.100 kcal/mol

・maxins = 1000 -> 5000(defaultから変更したところ)

 10     5.2113     0.4393    -2.2241     0.2547     7.4748     0.4632

 Warning: mesh error is    0.394 kcal/mol and is larger than the threshold value of    0.100 kcal/mol

・maxins = 1000 -> 10000 ms*max = 32 -> 64(defaultから変更したところ)

10     5.3651     0.4095    -2.1411     0.2234     7.5065     0.4616

 Warning: mesh error is    0.426 kcal/mol and is larger than the 95% error of    0.409 kcal/mol

上記ではwarningは解消できなかったのですが、注意すべき点ございますでしょうか？

よろしくお願いいたします。

稲葉

2024年6月27日木曜日 1:22:44 UTC+9 Nobuyuki MATUBAYASI:

[Nobuyuki MATUBAYASI]

稲葉様

系統的な結果に見えますが

NMPモル比=0（つまり、純水）や NMPモル比=1（つまり、純NMP）の結果はありますか？

また、

> 以前、メッシュエラーが出ていた”水/NMP=3000/100”を使って

とありますが、結果が 5.2 ± 0.4 といった辺りであり、

水/NMP=3000/100 → NMPモル比 = 0.03ぐらいとすると

今回のNMPモル比=0.08などの結果を随分と違うように見えます

以前のは、水/NMP=3000/100 の系は、topファイルまたは平衡化に問題があった系でしたっけ？

もし、そうであれば、maxinsなどのパラメータの変更の効果は、

MDに問題の無い系でした方が良いと思います

現時点では、水/NMP=3000/100とNMPモル比=0.08の結果に

乖離が大きいので？？？の状況かと思います

松林

2024年7月7日日曜日 13:57:59 UTC+9 Yusaku Inaba:

[Yusaku Inaba]

松林先生

すいません。水/NMP=3000/100でなくて30000/100です。

水中で3.6466±0.1695、NMP中で-15.1891±0.5048でしたので、今の所良さそうかと思っていますが如何でしょうか。

稲葉

2024年7月9日火曜日 19:27:28 UTC+9 Nobuyuki MATUBAYASI:

[Nobuyuki MATUBAYASI]

稲葉様

つまり、
純水中　　3.6466±0.1695

水/NMP = 30000/100    5.2 ± 0.4 ぐらい

NMPモル比=0.08 -3.7338  ±0.6696 

NMPモル比=0.18  -8.1170 ±0.4183 

NMPモル比=0.22  -9.3657  ±0.4168 

NMPモル比=0.37  -10.4262 ±0.5382

純NMP中　-15.1891±0.5048

ということになると思いますが、やはり、水/NMP = 30000/100の値は飛んでいるように見えます

そこで、水/NMP = 30000/100の系（NMPモル比=0.003）は、

topファイルまたは平衡化に問題は無かったという理解でよろしいでしょうか？

そして、NMPモル比=0.08, 0.18, 0.22, 0.37の系のいくつかでもmesh errorが出たとのことですが、

どのぐらいでしたでしょうか？

松林

2024年7月9日火曜日 21:34:41 UTC+9 Yusaku Inaba:

[Yusaku Inaba]

松林先生

水　　　　　　　　　　　　　3.6466±0.1695  mesh error表示なし

水/NMP(分子数)=3000/10　4.1652   ±0.3582  mesh error表示なし

水/NMP=3000/100　          5.2136   ±0.4271  mesh error is    0.376 kcal/mol

水/NMP=3000/200　         3.7504   ±0.4595 mesh error is    0.394 kcal/mol

水/NMP=3000/300.        　2.6792   ±0.5998 mesh error is    0.262 kcal/mol

NMPモル比=0.08               -3.7338  ±0.6696 mesh error is    0.107 kcal/mol 

NMPモル比=0.18               -8.1170 ±0.4183  mesh error is    0.157 kcal/mol 

NMPモル比=0.22               -9.3657  ±0.4168 mesh error表示なし

NMPモル比=0.37                -10.4262 ±0.5382 mesh error表示なし

NMP                                   -15.1891±0.5048  mesh error表示なし

MDの方も問題なさそうに思いますが、NMP微量の場合の結果は不確かな感じでしょうか。

よろしくお願いいたします。

稲葉

2024年7月9日火曜日 22:30:15 UTC+9 Nobuyuki MATUBAYASI:

[Nobuyuki MATUBAYASI]

稲葉さん

ありがとうございます

系統的なデータになっているように思います

NMPの分率を増やすと、最初は増えて途中から下がるという点は、

溶質が何か分からないので、分子間相互作用の点からの解釈はしづらいのですが、

solvation energyについてはいかがだったでしょうか？

slvfe出力の前半にsolvation energyのcumulative averageが出力されますので、その最終行です

NMPが入ると、誤差（95%エラー）は大きくなりますね。

大きな有機溶媒であれば動きが遅いので、MD時間を延ばさないとエラーは減らないと思います

これは、ERというよりはMDの問題で、

水のような小さな分子が溶媒で無い場合には、なかなか避けられない問題です

そして、NMPが多く入っていないときには、水とNMPの局所的な混合のゆらぎもあって

メッシュエラーが出るのかもしれません

溶質が何か分からないのでハッキリとは言えませんが、

これまた、MD時間を延ばしたらどうなるか？といったところかと思います

松林

2024年7月10日水曜日 8:34:55 UTC+9 Yusaku Inaba:

[Yusaku Inaba]

松林先生

cumulative average & 95% error for solvation energyの最終行は以下のようになっていました。

　　　　　　　　　　　　　　　　total 　　　　1st component(NMP)　　　　　2nd component(水)

水/NMP(分子数)=3000/10: 10   -27.3299     0.7073    -0.0490     0.0360   -27.2428     0.7179

水/NMP=3000/100: 10   -33.6034     1.0956   -16.3960     1.7233   -17.1681     1.0414

水/NMP=3000/200: 10   -34.7359     0.9530   -18.5596     1.0109   -16.1356     0.8398

水/NMP=3000/300: 10   -28.4770     1.1163    -2.0945     0.4624   -26.3403     1.4424

NMPモル比=0.08: 10   -34.4083     1.1826   -22.2233     1.3225   -12.1417     0.5867

NMPモル比=0.18: 10   -36.3604     0.5829   -27.3365     1.0420    -8.9666     0.6964

NMPモル比=0.22: 10   -35.9250     0.7487   -25.0413     0.7998   -10.8320     1.1777

NMPモル比=0.37 : 10   -27.2086     1.1371   -23.2589     1.4970    -3.8757     0.6730

MD時間の方、延ばしてやってみます。”計算stepを増やして、erdstのパラメータはデフォルト”で大丈夫でしょうか。

また計算stepを伸ばした場合のファイル出力間隔は延ばして良いのでしょうか。

実はNMPモル比=0.37以上はerdstが落ちて計算できてません。

==FOCUS_s_nodeでの例==

[sh001:2868517:0:2868517] Caught signal 11 (Segmentation fault: invalid permissions for mapped object at address 0x154a42f93000)

==== backtrace (tid:2868517) ====

 0 0x0000000000012cf0 __funlockfile()  :0

 1 0x000000000040cd7b realcal_mp_sort_block_()  /home1/gnbr/unbr0002/build/ermod-1.0.3/realcal.F90:469

 2 0x0000000000407e08 realcal_mp_realcal_proc_()  /home1/gnbr/unbr0002/build/ermod-1.0.3/realcal.F90:92

 3 0x0000000000422c61 engproc_mp_get_uv_energy_()  /home1/gnbr/unbr0002/build/ermod-1.0.3/engproc.F90:738

 4 0x000000000041f673 engproc_mp_engconst_()  /home1/gnbr/unbr0002/build/ermod-1.0.3/engproc.F90:436

 5 0x0000000000405f03 enganal_()  /home1/gnbr/unbr0002/build/ermod-1.0.3/enganal.F90:52

 6 0x0000000000405cad main()  ???:0

 7 0x000000000003ad85 __libc_start_main()  ???:0

 8 0x0000000000405bce _start()  ???:0

=================================

Macでも”Segmentation fault - invalid memory reference.”と出ました。

ほぼ一緒の計算ですが、solution_run.xtcのファイル容量が少しずつ増えている位しか差が思い当たらないのですが、わかりますでしょうか？

>du -ms solution_run.xtc

4159 NMPモル比=0.08

4772 NMPモル比=0.18

4496 NMPモル比=0.22

4393 NMPモル比=0.37

5004 NMPモル比=0.57

4925 NMPモル比=0.66

4888 NMPモル比=0.82

どれも10nmの立方体目安に作ったのですが、不都合あればサイズを小さくしてしまう方が早いかもしれないと思っています。

よろしくお願いいたします。

稲葉

2024年7月10日水曜日 10:48:24 UTC+9 Nobuyuki MATUBAYASI:

[Nobuyuki MATUBAYASI]

solvation energyは、soln系における溶質ー溶媒相互作用の平均和ですが

そのモル比依存性が随分と凸凹していて、統計が足りていないことが窺われます。ですので

> MD時間の方、延ばしてやってみます

が良いと思います。そして

> 計算stepを増やして、erdstのパラメータはデフォルト

でしてみて下さい。

> 計算stepを伸ばした場合のファイル出力間隔は延ばして良いのでしょうか

ファイル出力間隔は、まずは、そのままが良いと思います

サンプル数を増やすためです

> NMPモル比=0.37以上はerdstが落ちて計算できてません

> Segmentation fault - invalid memory reference

配列の外側へのアクセスがされているのかもしれません

ver 0.3.8を使用した場合に、同じエラーが出ますか？

2024年7月10日水曜日 19:58:29 UTC+9 Yusaku Inaba:

[Yusaku Inaba]

松林先生

お世話になっております。

ver0.3.8で実行すると、(上記、NMPモル比=0.82の計算結果を使っています)

In file ‘realcal.F90’, around line 80: Error allocation 65780788028 bytes: Cannot allocate memory

となりました。

MD時間を伸ばす場合はファイル出力を間引く、併せてセルサイズを少し小さくしないと動かないかと懸念している次第ですが如何でしょうか。

よろしくお願いいたします。

稲葉

2024年7月10日水曜日 23:52:25 UTC+9 Nobuyuki MATUBAYASI:

[Shun Sakuraba]

稲葉様

Cell sizeが異常なことになっているので、系がたとえば蒸発してcell sizeが巨大になっていたり、シミュレーションの初期構造に環どうしの衝突があって、異常なvirialが生じていたりしないか確認してください。

こういうのも含めると、cell sizeやdensity異常の場合に警告を出した方が良いかもしれませんね。

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Shun Sakuraba

[Yusaku Inaba]

桜庭様

コメントありがとうございます。

どこで間違ったのか、おかしな構造になっていた(圧縮されていた)ので、MDやり直して再度確認します。

稲葉

2024年7月11日木曜日 15:51:00 UTC+9 Shun Sakuraba:

[Yusaku Inaba]

松林先生

桜庭様

ご報告が遅くなったのですが、再計算しました。結合固定はどうか?と思ってconstraints = noneにしていたのをconstraints = all-bondsに戻して1stepの時間も戻せた為、シミュレーション時間が長くなった点が寄与したと思います。

NMP モル比=0.    10     3.5600     0.1011

NMPモル比=0.08: 10   -5.1806     0.2440    -8.7607     0.6732     3.6234     0.7557

NMPモル比=0.18: 10   -9.4819     0.3060   -10.7180     0.5430     1.2934     0.5046

NMPモル比=0.22: 10   -10.1187     0.2595   -11.2477     0.3767     1.1805     0.3844

NMPモル比=0.37 : 10   -13.0469     0.2770   -12.7354     0.5668    -0.2613     0.5394

NMPモル比=0.57: 10   -14.5195     0.3530   -14.1762     0.3087    -0.2942     0.2016

NMPモル比=0.66: 10   -14.3274     0.5562   -13.4421     0.5117    -0.8376     0.2800

NMPモル比=0.82: 10   -15.3040     0.2334   -15.1031     0.1685    -0.1527     0.1336

NMP モル比=1.00:  10   -15.6382     0.1740

一つだけ(NMPモル比=0.18)meshエラーが出ており、計算時間を更に2倍にしたり、そこからmaxinsを10倍やms*max=32を128に変えてみたりしてもエラーが無くならなくて見直していますが、全体的には良いように思います。

色々有益なアドバイスありがとうございました。

稲葉

2024年7月11日木曜日 16:14:20 UTC+9 Yusaku Inaba:

[Nobuyuki MATUBAYASI]

稲葉様

納得可能な計算になったようでよかったです。混合溶媒における水の寄与も、3.6234、1.2934 ・・・というわけで、純水溶媒からの連続性も見えます。NMPモル比=0.18でのmeshエラーの値は、問題にするレベルではないと理解しました

松林

2024年8月6日火曜日 16:45:52 UTC+9 Yusaku Inaba: