Problems with getBM function

[Claudia García Sánchez]

Hi,

I'm running this code lines since two years ago:

mart <- biomaRt::useMart(biomart = "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", dataset = "mmusculus_gene_ensembl", host = 'www.ensembl.org')

biotype <- biomaRt::getBM(attributes = c("gene_biotype", "external_gene_name", "description"), mart = mart)

But I've obtained this error today:

Error: failed to load external entity "http://www.ensembl.org/info/website/archives/index.html?redirect=no"

What can I do to fix it? Is there any problem with this URL?

Thanks.

Claudia

[Steffen Durinck]

Hi Claudia,

It seems that Ensembl changed their website's ability to be accessed by http and "broke" the biomaRt package.

This may lead to errors which look like this:

Error: failed to load external entity "http://www.ensembl.org/info/website/archives/index.html?redirect=no"

Details about this can be found at: https://support.bioconductor.org/p/134524/

I think a solution is to use the useEnsembl function instead of useMart or you could also install the dev version of biomaRt where this has been fixed.

Cheers,

Steffen

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[Claudia García Sánchez]

Thank you very much Steffen.

I will try using useEnsembl function.

Claudia

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