buen dia, a mi me ha pasado igual con todas las tarjetas que he manejado, desde la que tienes tu hasta la version para el arduino uno, mi ultima adquisicion fue un TB6560 de 3 ejes y he tenido varios problemas:
1.- en el datasheet tengo un orden de conexiones fisicas eje X, eje Y, eje Z pero al conectarlo al mach 3 me funciona asi, eje X, eje Z, eje Y
2.- mi eje X no cambia el sentido, no es el motor ya que cambie la posicion y funciono bien, cambie la configuracion de los pines y ocurrio algo rarisimo, les cambie el step entre X y Y y siguieron funcionando normal, la diferencia que si yo cambio de sentido el Y al caminar el X (no importa hacia donde) cambiaba el sentido junto con el Y.
el problema que tienes tu con tu RAMPS lo resolvi utilizando en GRBL controller, si lo programaba desde el Arduino siempre me daba el problema, a menos que cambies la ramps por drivers individuales.
espero alguien pueda ayudarme con mi problema y haber aportado algo al post xD gracias