@HD VN:1.4 SO:coordinate
@SQ SN:6 LN:149736546
@PG ID:STAR PN:STAR VN:STAR_2.5.2b CL:STAR --runThreadN 3 --genomeDir /home/me/indices/STAR/reference.43 --readFilesIn simulated_reads1.fq --outSAMtype BAM SortedByCoordinate --outFilterType BySJout
@CO user command line: STAR --genomeDir /home/me/indices/STAR/reference.43 --readFilesIn simulated_reads1.fq --outFilterType BySJout --runThreadN 3 --outSAMtype BAM SortedByCoordinate
chr6:59352460-59426290(-)_2612_3099_2:0:0_3:0:0_a61 0 6 59352462 255 100M * 0 0 AATATTTTCATTATATCTTATTTGTCCCTGGGATAACATACATTTGTTTTTCAAGTTTTCACCTTAAGGTTCTTAAAAGCTACTTAAACATATGTGGTTC 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 NH:i:1 HI:i:1 AS:i:92 nM:i:3
chr6:59352460-59426290(-)_2653_3098_2:0:0_3:0:0_a74 0 6 59352463 255 100M * 0 0 ATATTTTCATTTTATCTTATTTGTCCCTGGGATAACCTACATTTGTTTTTCAAGATTTCACATTAAGGTTCATAAAAGCTACTTAAACATTTGTGGTTCT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 NH:i:1 HI:i:1 AS:i:92 nM:i:3
chr6:59352460-59426290(-)_2552_3097_3:0:0_2:0:0_875 0 6 59352464 255 100M * 0 0 TATTTTCATTTTATCTTATTTGTCCCTGGGATAACATAGATTTGTTTTTCAAGTTTTCACATTAAGGTTCTTAAAAGCTACTTAAACATTTTTGGTTCTA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 NH:i:1 HI:i:1 AS:i:94 nM:i:2
chr6:59352460-59426290(-)_2601_3093_0:0:0_2:0:0_31 0 6 59352468 255 100M * 0 0 TTCATTTTATCTTATTTGTGCCTGGGATAACATACATTTGTTTTTCAAGTTTTCACATTCAGGTTCTTAAAAGCTACTTAAACATTTGTGGTTCTAGCAT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 NH:i:1 HI:i:1 AS:i:94 nM:i:2
chr6:59352460-59426290(-)_2668_3091_0:0:0_4:0:0_8fe 0 6 59352470 255 100M * 0 0 CATTTTATCTTATTAGTCCCTGGGATAACATCCATTTGTTTTTCAAGTTTTCCCATTAAGGTTCTTCAAAGCTACTTAAACATTTGTGGTTCTAGCATCC 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 NH:i:1 HI:i:1 AS:i:90 nM:i:4
chr6:59352460-59426290(-)_2578_3090_1:0:0_2:0:0_2d3 0 6 59352471 255 100M * 0 0 ATTTTATCTTATTTGTCCCTGGGATAACATACATTTGTTTTTCAAGTTTTCACATTAAGGTTCTTAAAAGCTACTTAAAGATTTGTGTTTCTAGCATCCT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 NH:i:1 HI:i:1 AS:i:94 nM:i:2
chr6:59352460-59426290(-)_2624_3090_1:0:0_2:0:0_8b5 0 6 59352471 255 100M * 0 0 ATTTTATCTTATTTGTCCCTGGGATAACATACATTTGTTTTTCAAGTTTTGACATTAAGGTTCTTAAAAGGTACTTAAACATTTGTGGTTCTAGCATCCT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 NH:i:1 HI:i:1 AS:i:94 nM:i:2
chr6:59352460-59426290(-)_2644_3089_3:0:0_3:0:0_52b 0 6 59352472 255 100M * 0 0 TTTTATCTTATTTGTCCCTGGGCTAACATACATTAGATTTTCAAGTTTTCACATTAAGGTTCTTAAAAGCTACTTAAACATTTGTGGTTCTAGCATCCTC 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 NH:i:1 HI:i:1 AS:i:92 nM:i:3
chr6:59352460-59426290(-)_2491_3089_0:0:0_3:0:0_45c 0 6 59352472 255 99M1S * 0 0 TTTTATCTTATTTGTCCCTGGGATCACATACATTTGTTTTTCAAGTTTTCACATTAAGGTTGTTAAAAGCTACTTAAACATTTGTGGTTCTAGCATCCTG 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 NH:i:1 HI:i:1 AS:i:93 nM:i:2
chr6:59352460-59426290(-)_2578_3089_1:0:0_3:0:0_432 0 6 59352472 255 100M * 0 0 TTTAATCTTATTTGTCCCTGGGATAACATACATTTGTTTTTCAAGTTTTCACAATAAGGTTCTTACAAGCTACTTAAACATTTGTGGTTCTAGCATCCTC 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 NH:i:1 HI:i:1 AS:i:92 nM:i:3
chr6:59352460-59426290(-)_2577_3088_0:0:0_1:0:0_648 0 6 59352473 255 100M * 0 0 TTTATCTTATTTGTCCCTGGGATAACATACATTTTTTTTTCAAGTTTTCACATTAAGGTTCTTAAAAGCTACTTAAACATTTGTGGTTCTAGCATCCTCT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 NH:i:1 HI:i:1 AS:i:96 nM:i:1
chr6:59352460-59426290(-)_2628_3086_4:0:0_2:0:0_982 0 6 59352475 255 100M * 0 0 TATGTTATTTGTCCCTGGGATAACATACATTTGTTTTTCAAGTTTTCACATAAAGGTTCTTAAAAGCTACTTAAACATTTGTGGTTCTAGCATCCTCTTG 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 NH:i:1 HI:i:1 AS:i:94 nM:i:2
chr6:59352460-59426290(-)_2716_3086_1:0:0_3:0:0_8bc 0 6 59352475 255 100M * 0 0 TATCTTATTTGTCCCTGGGATAACATACATTTGTTTTTCAAGTTTTCACATTAAGGTTCTTAAAAGCTACTTAAACATTTGAGGTTGTAGCATCCACTTG 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 NH:i:1 HI:i:1 AS:i:92 nM:i:3
$ STAR --runMode inputAlignmentsFromBAM --inputBAMfile test.bam --bamRemoveDuplicatesType UniqueIdentical
$ samtools view Processed.out.bam
chr6:59352460-59426290(-)_2612_3099_2:0:0_3:0:0_a61 0 6 59352462 255 100M * 0 0 AATATTTTCATTATATCTTATTTGTCCCTGGGATAACATACATTTGTTTTTCAAGTTTTCACCTTAAGGTTCTTAAAAGCTACTTAAACATATGTGGTTC 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 NH:i:1 HI:i:1 AS:i:92 nM:i:3
chr6:59352460-59426290(-)_2653_3098_2:0:0_3:0:0_a74 0 6 59352463 255 100M * 0 0 ATATTTTCATTTTATCTTATTTGTCCCTGGGATAACCTACATTTGTTTTTCAAGATTTCACATTAAGGTTCATAAAAGCTACTTAAACATTTGTGGTTCT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 NH:i:1 HI:i:1 AS:i:92 nM:i:3
chr6:59352460-59426290(-)_2552_3097_3:0:0_2:0:0_875 0 6 59352464 255 100M * 0 0 TATTTTCATTTTATCTTATTTGTCCCTGGGATAACATAGATTTGTTTTTCAAGTTTTCACATTAAGGTTCTTAAAAGCTACTTAAACATTTTTGGTTCTA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 NH:i:1 HI:i:1 AS:i:94 nM:i:2
chr6:59352460-59426290(-)_2601_3093_0:0:0_2:0:0_31 0 6 59352468 255 100M * 0 0 TTCATTTTATCTTATTTGTGCCTGGGATAACATACATTTGTTTTTCAAGTTTTCACATTCAGGTTCTTAAAAGCTACTTAAACATTTGTGGTTCTAGCAT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 NH:i:1 HI:i:1 AS:i:94 nM:i:2
chr6:59352460-59426290(-)_2668_3091_0:0:0_4:0:0_8fe 0 6 59352470 255 100M * 0 0 CATTTTATCTTATTAGTCCCTGGGATAACATCCATTTGTTTTTCAAGTTTTCCCATTAAGGTTCTTCAAAGCTACTTAAACATTTGTGGTTCTAGCATCC 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 NH:i:1 HI:i:1 AS:i:90 nM:i:4
chr6:59352460-59426290(-)_2578_3090_1:0:0_2:0:0_2d3 0 6 59352471 255 100M * 0 0 ATTTTATCTTATTTGTCCCTGGGATAACATACATTTGTTTTTCAAGTTTTCACATTAAGGTTCTTAAAAGCTACTTAAAGATTTGTGTTTCTAGCATCCT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 NH:i:1 HI:i:1 AS:i:94 nM:i:2
chr6:59352460-59426290(-)_2624_3090_1:0:0_2:0:0_8b5 0 6 59352471 255 100M * 0 0 ATTTTATCTTATTTGTCCCTGGGATAACATACATTTGTTTTTCAAGTTTTGACATTAAGGTTCTTAAAAGGTACTTAAACATTTGTGGTTCTAGCATCCT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 NH:i:1 HI:i:1 AS:i:94 nM:i:2
chr6:59352460-59426290(-)_2644_3089_3:0:0_3:0:0_52b 0 6 59352472 255 100M * 0 0 TTTTATCTTATTTGTCCCTGGGCTAACATACATTAGATTTTCAAGTTTTCACATTAAGGTTCTTAAAAGCTACTTAAACATTTGTGGTTCTAGCATCCTC 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 NH:i:1 HI:i:1 AS:i:92 nM:i:3
chr6:59352460-59426290(-)_2491_3089_0:0:0_3:0:0_45c 0 6 59352472 255 99M1S * 0 0 TTTTATCTTATTTGTCCCTGGGATCACATACATTTGTTTTTCAAGTTTTCACATTAAGGTTGTTAAAAGCTACTTAAACATTTGTGGTTCTAGCATCCTG 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 NH:i:1 HI:i:1 AS:i:93 nM:i:2
chr6:59352460-59426290(-)_2578_3089_1:0:0_3:0:0_432 0 6 59352472 255 100M * 0 0 TTTAATCTTATTTGTCCCTGGGATAACATACATTTGTTTTTCAAGTTTTCACAATAAGGTTCTTACAAGCTACTTAAACATTTGTGGTTCTAGCATCCTC 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 NH:i:1 HI:i:1 AS:i:92 nM:i:3
chr6:59352460-59426290(-)_2577_3088_0:0:0_1:0:0_648 0 6 59352473 255 100M * 0 0 TTTATCTTATTTGTCCCTGGGATAACATACATTTTTTTTTCAAGTTTTCACATTAAGGTTCTTAAAAGCTACTTAAACATTTGTGGTTCTAGCATCCTCT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 NH:i:1 HI:i:1 AS:i:96 nM:i:1
chr6:59352460-59426290(-)_2628_3086_4:0:0_2:0:0_982 0 6 59352475 255 100M * 0 0 TATGTTATTTGTCCCTGGGATAACATACATTTGTTTTTCAAGTTTTCACATAAAGGTTCTTAAAAGCTACTTAAACATTTGTGGTTCTAGCATCCTCTTG 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 NH:i:1 HI:i:1 AS:i:94 nM:i:2
chr6:59352460-59426290(-)_2716_3086_1:0:0_3:0:0_8bc 1024 6 59352475 255 100M * 0 0 TATCTTATTTGTCCCTGGGATAACATACATTTGTTTTTCAAGTTTTCACATTAAGGTTCTTAAAAGCTACTTAAACATTTGAGGTTGTAGCATCCACTTG 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 NH:i:1 HI:i:1 AS:i:92 nM:i:3
chr6:60731572-60829855(-)_599_1136_1:0:0_2:0:0_343 16 6 60732122 255 43M * 0 0 GACATTCTTAGGCTTCAGGCTCATAGTCTTGGTAGCCTTCCTA 2222222222222222222222222222222222222222222 PG:Z:MarkDuplicates NH:i:1 HI:i:1 nM:i:0 AS:i:42
chr6:60731572-60829855(-)_599_1061_1:0:0_1:0:0_78 16 6 60732122 255 40M942N3M * 0 0 GACATTCTTAGCCTTCAGGCTCATAGTCTTGGTAGCCTTCCTC 2222222222222222222222222222222222222222222 PG:Z:MarkDuplicates NH:i:1 HI:i:1 nM:i:1 AS:i:41
chr6:60731572-60829855(-)_596_1053_0:0:0_3:0:0_421 16 6 60732125 255 37M942N6M * 0 0 ATTCTTAGGCTTCAGGCTCATAGTCTTGGTAGCCTTCCTCTGA 2222222222222222222222222222222222222222222 PG:Z:MarkDuplicates NH:i:1 HI:i:1 nM:i:0 AS:i:43
chr6:60731572-60829004(-)_692_1197_2:0:0_0:0:0_e3 16 6 60732125 255 40M3S * 0 0 ATTCTTAGGCTTCTGGCTCATAGTCTTGGTAGCCTTCCTATGA 2222222222222222222222222222222222222222222 PG:Z:MarkDuplicates NH:i:1 HI:i:1 nM:i:1 AS:i:37
chr6:60731572-60829004(-)_691_1217_0:0:0_2:0:0_3da 16 6 60732126 255 36M942N7M * 0 0 TTCTTAGGCTTCAGGCTCATAGTCTTGGTAGCCTTCCTCTGAA 2222222222222222222222222222222222222222222 PG:Z:MarkDuplicates NH:i:1 HI:i:1 nM:i:0 AS:i:43
chr6:60731572-60829004(-)_691_1145_1:0:0_1:0:0_5c9 16 6 60732126 255 38M5S * 0 0 TTCTTAGGCTTCAGGCTCATAGTCTTGCTAGCCTTCCTCTGAA 2222222222222222222222222222222222222222222 PG:Z:MarkDuplicates NH:i:1 HI:i:1 nM:i:1 AS:i:35
chr6:60731572-60829855(-)_594_1116_2:0:0_2:0:0_35c 16 6 60732127 255 37M6S * 0 0 TCTTAGGCTGCAGGCTCATAGTCTTGGTTGCCTTCCTCTGAAG 2222222222222222222222222222222222222222222 PG:Z:MarkDuplicates NH:i:1 HI:i:1 nM:i:2 AS:i:32
chr6:60731572-60829004(-)_690_1166_1:0:0_2:0:0_2af 16 6 60732127 255 35M942N8M * 0 0 TCTTAGGCTTCAGGCTCATAGTCTTCGTAGCCTTCCTCTGAAG 2222222222222222222222222222222222222222222 PG:Z:MarkDuplicates NH:i:1 HI:i:1 nM:i:1 AS:i:41