Me resultó raro que un CUIT inválido devuelva CAE... ¿cómo pudo ser eso?
Igualmente, una vez resuelto el tema, la LÓGICA me marcaría que para dar vuelta una nota de crédito, o sea, "anularla" entre comillas, ya que los comprobantes electrónicos no se pueden anular, deberías hacer una NOTA DE DÉBITO. No una factura. Ambos comprobantes tienen el signo opuesto, pero la nota de débito es un comprobante que se utiliza tanto para trasladar gastos tanto gravados como no gravados (por ejemplo, una escribanía que precise trasladar a un cliente un gasto de fotocopias y papelería hechos por su cuenta), como para ajustar este tipo de errores.
Saludos.