אישכול(clustering) מבוסס אוסף ב-pvclust ועצים לא מושרשים ב-ape

[Amit Fliess]

מצאתי את חבילת pvclust , שעושה ללמידה לא-מונחת את, מה ששיטות מבוססות אוסף כמו random forest, עשו ללמידה מונחת. 

שיטת נוספת שעוזרת לי לראות יותר בבירור את תוצאות ה-clustering זה עצים לא מושרשים(דומים יותר לתפטירים) בעזרת החבילה ape לפי הפקודה:

plot(as.phylo(hc), type = "unrooted")

הופיעה בקישור:

http://gastonsanchez.com/visually-enforced//how-to/2012/10/03/Dendrograms/

.

הבעיה שהפקודה as.phylo לא עובדת על התוצאות של pvclust בניגוד לתוצאות של חבילות אחרות ל-clustering. 

אשמח אם מישהוא, שמבין ממני בתכנות הגרפיקה של R , יוכל לעשות חבילה לייצור עצים לא מושרשים מתוצאות של חבילת pvclust.

[Tal Galili]

היי עמית,

התוצר של pvclust הוא רשימה שכוללת כמה רכיבים, אחד מהם הוא בסך הכל אובייקט hclust. יצרתי כמה פונקציות כדי לגשת ולהשתמש באיברים של החבילה, תוכל לקרוא עליהם כאן:

https://cran.r-project.org/web/packages/dendextend/vignettes/introduction.html#pvclust

בשביל מה שאתה מבקש, תוכל להשתמש ב 

as.dendrogram

על האובייקט (שבסך הכל מוציא את ה hclust והופך אותו לדנדרוגרמה).

ואני חושב שעל זה אפשר להפעיל as.phylo (ואז את שאר מה שכתבת).

בהצלחה,

טל

----------------Contact Details:-------------------------------------------------------
Contact me: Tal.G...@gmail.com | 
Read me: www.talgalili.com (Hebrew) | www.biostatistics.co.il (Hebrew) | www.r-statistics.com (English)
----------------------------------------------------------------------------------------------

--
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "Israel R User Group" group.
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to israel-r-user-group+unsub...@googlegroups.com.
For more options, visit https://groups.google.com/d/optout.

[Amit Fliess]

אומנם אני מצליח לקבל מחדש עץ לא מושרש אבל אחרי שאני מפעיל את as.phylo , הפקודות text ו-pvrect לא עובדות כך שאני מאבד את כל המידע מ-pvclust בחזרה לעץ לא מושרש.

בתאריך יום שני, 12 ביוני 2017 בשעה 11:44:47 UTC+3, מאת Tal Galili:

[Tal Galili]

הגיוני. הפונקציות הללו לא יודעות איפה למקם את התוכן על הגרף הזה. 

כדי לפתור את זה תצטרך לעבוד די קשה לתכנת את זה מאפס...

Sent from a smart-phone

To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to israel-r-user-g...@googlegroups.com.

[Amit Fliess]

זה למעלה מיכולותי אני לא מבין מספיק בתכנות גרפי ב-R .

בתאריך יום שני, 12 ביוני 2017 בשעה 16:00:39 UTC+3, מאת Tal Galili: