continuation of repeated measures + post hoc tests

[ronen]

שלום

בהמשך לשאלתי הקודמת:

יש לנו נבדקים (חזירים) המחולקים ל2 קבוצות (ניסוי וביקורת)

כולם נמדדים נמדדים מספר פעמים על מדד Y

המטרה היא למצוא באילו נקודות זמן יש הבדלים מובהקים בין 2 הקבוצות (אינטראקציה בין קבוצה ו זמן)

רציתי לדעת איך עושים את זה

נראה לי שמצאתי 2 דרכים

אני מצרף  למטה סימולציה + 2 השיטות

אני שואל מה לעשות כאשר לא לכולם יש מדידות בכל הזמנים (unbalanced)

אני מבין ש aov לא טוב במקרה זה

 

בנוסף, כיצד אני עושה מבחן פוסט הוק על האינטראקציה - כדי למצוא באילו נקודות זמן יש הבדל בין 2 הקבוצות

זה בעצם כמו לעשות מבחן טי בכל נקודת זמן בין 2 הקבוצות, אבל עם דרישה על המובהקות לא?

כיצד עושים את זה?

ראיתי באינטרנט אבל הסתבכתי...

 

זה ממש חשוב לי - כל תשובה תעזור

תודה רבה !

 

 

set.seed(33)

pig=as.factor(rep(1:10,rep(8,10)))

times=as.factor(rep(1:8,10))

group=rep(0:1,rep(5*8,2))

effect.pig=rep(rnorm(10,sd=0.5),rep(8,10))

effect.times=rep(c(0,0,0,0,2,2,2,2),10)

y=rnorm(8*10,2*group)+effect.pig+effect.times*group

 fit1=lme(y~group*times,random=~1|pig)

aov1=aov(y~group*times+Error(pig/times))

print(summary(aov1))

print(anova(fit1))

 

 

[Jonathan Rosenblatt]

אני חושב ששתי הדרכים טובות. בפרט שים לב שאתה מקבל את אותה המובהקות. בכל אופן, ולמיטב הבנתי, lme הוא כללי יותר והימור בטוח.

לגבי הפוסט-הוק, אני קצת חלוד אבל את התשובה בוודאי תמצא בפונקציה glht בחבילת multcomp. שם תוכל לבצע מבחן לכל המקדמים עם תיקון למרובות.

אתה צודק שזה שקול למבחן t בכל נקודות זמן עם שליטה על FWER. מבחינה זו, תוכל להשיג תוצאה דומה (אבל לא שקולה) אם תעשה את המבחנים ידנית ותשתמש בשיטת Holm שבפונקציית p.adjust. ייתכן של- lme יהיה קצת יותר עוצמה, אבל זאת במחיר הנחות קצת יותר מגבילות. 

--
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "Israel R User Group" group.
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to israel-r-user-g...@googlegroups.com.
For more options, visit https://groups.google.com/d/optout.

--
Jonathan Rosenblatt
www.john-ros.com

[ronen]

תודה רבה יונתן

נראה לי ששיטת המיקסד אפקט תתאים גם לנתונים לא מלאים כי יש לנו תצפיות חסרות

בנוסף אוכל לעשות מבחן יחס נראות ולבדוק אם במשתנה התלוי יורד בצורה לינארית או ריבועית ולחסוך השוואות מרובות

 

הבעיה שלי עם מבחני הפוסט-הוק.

אני הוספתי קוד והשתמשתי בחבילת

lsmeans

שבעזרתה אני עושה את הקונטרסטים ואת המבחנים - המשך הקוד מצורף למטה

אגב, זה לא יוצא כמו מבחני טי לכל נקודת זמן - אולי בגלל שהשונות מחושבת מהשאריות של כלל המודל

ולא מתוך כל נקודת זמן ?

אבל אני לא מצליח לראות את המובהקויות המתוקנות לפי שפה או בונפרוני גם כשאני משתמש ב

glht

אני יכול פשוט לקחת את המובהקויות ולעשות את התיקונים לבד?

אפשר להשתמש גם ב תיקון של

FDR

במבחנים כאלה?

 

תודה רבה!!!

 

library(lsmeans)

fit2=lmer(y~group*times+(1|pig))

comp1= lsmeans(fit2, ~ group | times, cov.reduce = FALSE)

diff1 <- update(pairs(comp1, by = "times"), by = NULL)

print(diff1)

cld(diff1)

 mcomp1=as.glht(update(pairs(comp1)),test = adjusted("Shaffer"))

 comp2= lsmeans(fit2, ~ times| group , cov.reduce = FALSE)

diff2 <- update(pairs(comp2, by = "times"), by = NULL)

mcomp2=as.glht(update(pairs(comp2,by="times")),test = adjusted("Shaffer"))

.

To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to israel-r-user-group+unsub...@googlegroups.com.

For more options, visit https://groups.google.com/d/optout.

--
Jonathan Rosenblatt
www.john-ros.com

[Jonathan Rosenblatt]

לא הייתי מצפה לאותה התוצאה בדיוק, כי ההנחות של ניתוח mixed וסדרת מבחני t, אינן זהות. ההבדל הוא אכן בהנחות על השונות ומכאן גם אופן החישוב שלה (ל- t פחות הנחות, ולכן פחות דרגות חופש, וקצת פחות עוצמה).

כשאתה עושה מבחן יחס נראות ב- lme4, שים לב להתאים מודל על ידי נראות מקסימלית ולא על ידי ReML.

אין כל מניעה לקחת את המובהקויות ולתקן לבד. שימוש בבונפרוני או Holm של p.adjust יישמור על הטעות מסוג ראשון, אבל ייהנה מפחות עוצמה מהתיקון המדוייק שעושה glht לקונטראסט הספציפי שמעניין אותך (בלבד. ללא בונפרוני, ושות').

פונקציית glht גם לא תאפשר לך תיקון ל- FDR אותו תוכל לעשות על ידי p.adjust. הסייג היחיד לכך, הוא שצריך לוודא שהמתאם בין סטטיסטי המבחן שלך מקיימת את ההנחות הנדרשות לצורך BH או שתשתמש ב- method="BY", אבל אז ייתכן שאתה כל כך מחמיר, שעדיף לך כבר לשלוט על ה- FWER במדוייק עם glht.

מעבר לכך, מציע שנעבור לפרטי, בשביל לא להעמיס על התפוצה.

יונתן

To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to israel-r-user-g...@googlegroups.com.

For more options, visit https://groups.google.com/d/optout.

--
Jonathan Rosenblatt
www.john-ros.com