sp3 stereo

[Karen Karapetyan]

This is a tricky molecule with chiral flag in molfile but no real sp3 chiral centers. Still, renderer shows weighted stereo bond.

input

---------------------

  -INDIGO-03201314512D

  9  8  0  0  1  0  0  0  0  0999 V2000

    5.0938   -5.8125    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    7.0313   -4.4375    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    8.8438   -5.8125    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   11.5000   -4.2813    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   13.4063   -5.5313    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   15.8750   -3.9375    0.0000 C   0  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   18.1250   -5.4375    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   15.8750   -1.9688    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    6.5313   -2.3750    0.0000 Cl  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

  1  2  1  0  0  0  0

  2  3  2  0  0  0  0

  3  4  1  0  0  0  0

  4  5  2  3  0  0  0

  5  6  1  0  0  0  0

  6  7  1  0  0  0  0

  6  8  1  1  0  0  0

  2  9  1  0  0  0  0

M  END

-----------------------

[Mikhail Rybalkin]

Hi Ken,

I forgot to reply to you that in the Indigo 1.1.9 we added a method IndigoObject.resetSymmetricStereocenters to deal with such symmetric stereocenters. This method will find all such stereocenters and will reset it by clearing bond directions.

Best regards,

Mikhail