I: [genome-www] NMD

[Sara Benedetti]

Hi, I would like to know whether there is an assembly in UCSC browser (Human) there is a track containing the NMD sensitivity (NMD escape or not).

Thank you in advance

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Sara Benedetti

 

Genetista Molecolare

Dipartimento di Aritmologia ed Elettrofisiologia Clinica, Policlinico San Donato

Piazza Edmondo Malan, 2

20097 San Donato Milanese, Milano

Tel. 02-52774294

sara.be...@grupposandonato.it

 

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Grazie per la collaborazione.

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Da: Jairo Navarro Gonzalez <jnav...@ucsc.edu>
Inviato: giovedì 6 giugno 2024 01:04
A: Sara Benedetti <sara.be...@grupposandonato.it>
Cc: genom...@soe.ucsc.edu <genom...@soe.ucsc.edu>
Oggetto: Re: [genome-www] NMD

 

Hello,

Thank you for using the UCSC Genome Browser and sending your inquiry.

To better assist you, could you explain in a bit more detail what you are trying to accomplish? We would also need to know what assembly you are using on the UCSC Genome Browser.

For example, if you had a set of variants, you could use the Variant Annotation Integrator to check if any result in an NMD transcript:

https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgVai#intro
http://sequenceontology.org/browser/current_release/term/SO:0001621

I hope this is helpful. If you have any further questions, please reply to genom...@soe.ucsc.edu.

Jairo Navarro
UCSC Genome Browser

On Wed, Jun 5, 2024 at 7:29 AM Sara Benedetti <sara.be...@grupposandonato.it> wrote:

Hi, is it possible to visualize in the UCSC genome browser whether a certain CDS region is subjected to NMD or not?

Thank you

Sara

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Sara Benedetti

 

Genetista Molecolare

Dipartimento di Aritmologia ed Elettrofisiologia Clinica, Policlinico San Donato

Piazza Edmondo Malan, 2

20097 San Donato Milanese, Milano

Tel. 02-52774294

sara.be...@grupposandonato.it

 

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Grazie per la collaborazione.

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[Matthew Speir]

Hello, Sara.

Thank you for your question about NMD data in the UCSC Genome Browser.

We have an experimental version of our GENCODE Genes track that displays NMD information. You can view it on our development server here:

https://hgwdev.gi.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgS_doOtherUser=submit&hgS_otherUserName=mspeir&hgS_otherUserSessionName=hg38_GENCODE_NMD_Demo

You can configure the display of these items by right-clicking an item in the track and selecting the "Configure..." option near the bottom of the menu. In the pop-up, the "Decoration settings" section controls the option annotations, like NMD. In the track display itself, you can hover over one of the yellow/gold colored items to see more info about the annotation (e.g. "Putative PTC NMD Escape Region".)

Note: any data and features on our development server may change in the future. Please let us know if you have any feedback, suggestions, or questions about this new display mode.

I hope this is helpful. If you have any further questions, please reply to gen...@soe.ucsc.edu. All messages sent to that address are archived on a publicly-accessible Google Groups forum. If your question includes sensitive data, you may send it instead to genom...@soe.ucsc.edu.

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Matthew Speir

UCSC Genome Browser, User Support

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