in silico pcr executable

[mes...@hpg23.it]

Dear 

I wonder wheter exists In-Silico PCR executables for run multiple sequences to design primers (forward and reverse)?

Thank you very much

Maria Elena Sana

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Maria Elena Sana, PhD
Lab Genetica Molecolare - USSD LGM
Azienda Ospedaliera Papa Giovanni XXIII
Piazza OMS, 1
24127 Bergamo - Italy
Tel: +39-035-2674684
Fax: +39-035-2674915

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[Jonathan Casper]

Hello Maria,

Thank you for your question about designing PCR primers. There is a program in the kent repository that will do this for you - the command-line isPcr program allows you to run multiple sequences for primer design. For your query, just name a file that contains three columns: name, forward primer, and reverse primer. The file can have multiple entries - one per line.

You can get the isPcr program from http://hgwdev.cse.ucsc.edu/~kent/exe/. Compiled versions of the program are provided for many computer types. You can also download the source code for isPcr at http://hgdownload.cse.ucsc.edu/downloads.html#source_downloads if you want to compile it yourself.

The answers to the following mailing list questions might be useful for setting up the program:
https://groups.google.com/a/soe.ucsc.edu/forum/#!searchin/genome/command$20line/genome/KMmdhPdGSig/Uy2j2g9qTT0J
https://groups.google.com/a/soe.ucsc.edu/forum/#!searchin/genome/isPcr/genome/6Dtt0g8K65k/jeNOc5NngboJ

I hope this is helpful. If you have any further questions, please reply to gen...@soe.ucsc.edu. Questions sent to that address will be archived in a publicly-accessible forum for the benefit of other users. If your question contains sensitive data, you may send it instead to genom...@soe.ucsc.edu.

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Jonathan Casper
UCSC Genome Bioinformatics Group

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