Investice do nových mikroskopických přístrojů

[seb...@natur.cuni.cz]

Dobrý den.

Rád bych zahájil diskusi o zakoupení nových mikroskopických přístrojů na naší fakultu. Jedná se především o konfokální mikroskop, který je tu už 8 let a morálně i fyzicky pomalu zastarává. Možnosti jsou ovšem na tomto poli široké a proto jde nyní především o to, aby se výzkumníci vyjádřili, které techniky by rádi využívali na své pokusy a výzkumy. Od toho se můžeme odpíchnout při volbě stroje/strojů, které by, pokud možno, pokryly vaše nároky.

Fantazii se nyní meze nekladou, nicméně by bylo vhodné, kdyby se diskuse rozproudila živě, ponivadž je možnost zažádat do konce ledna o evropský grant OPPK (Operační program pro konkurenceschopnost). Ten má však háček v tom, že je potřeba do něj uvést spolupráci s komerčními firmami. Pokud byste tedy, prosím, věděli o možnostech spolupráce s komerčními firmami, která by se týkala fluorescenční mikroskopie, nebo máte již takovou spolupráci navázanou, dejte nám, prosím vědět (Ondra Šebesta, Doc. Jitka Forstová).

Nicméně bych rád, aby z této diskuse vyplynul jistý koncepční plán rozvoje přístrojového vybavení naší fakulty tak, abychom byli schopni opět dělat výzkum na tomto poli na špičkové úrovni. Vaše vstupní požadavky budiž nám věcnou inspirací.
Celá koncepce by navíc měla obsahovat úvahy nejen o pořízené technologii, ale i o možnosti uchovávání, zpracování a analýzy dat a také případném prostorovém umístění technologií a možnosti nabídnutí služeb dalším institucím a firmám.
Do úvahy by posléze asi měla přijít i souvislost s podobnými koncepcemi v okolí (1.LF, BIOCEV) s možnostmi provázání či spolupráce.

Dne 17. ledna od 9:00 do 12:00 proběhne ve fotochemii sraz uživatelů fluorescenční mikroskopie pod záštitou Doc. Černého, kde bychom rádi představili současné vybavení naší fakulty mikroskopickou (optickou) technikou a její možnosti. Zde bych rád poprosil, mohli-li byste krátce popsat vaše stávající mikroskopické vybavení vašich laboratoří, které využíváte (mikroskopy, kamery, komůrky a jiná udělátka). Chtěl bych vytvořit malou databázi, kde by bylo možné dohledat, jestli náhodou třeba někdo nemá např. kostku nebo objektiv, kterou zrovna potřebuji s možností zapůjčení, nebo možností využít krátkodobě váš stroj. Pro všechny. Vaše pracoviště by bylo zároveň krátce prezentováno na tomto semináři.

SOUHRN OTÁZEK:
1) Krátký popis mikroskopických technik, které byste v budoucnu rádi využívali na společně zakoupeném vybavení; které by vám vyhovovaly pro váš výzkum.
2) Máteli rozjetou spolupráci, nebo máte-li tip na spolupráci, s komerčními firmami na poli mikroskopie, dejte nám, prosím, vědět kvůli grantu OPPK.
3) Popište prosím krátce vaše stávající mikroskopické vybavení vašich laboratoří (mimo KONFMI).

Děkuji předem za spolupráci.
S pozdravem Ondřej Šebesta

*********************************************************************************
Vsoučasnosti, techniky, které jsou nebo mohou být, více či méně s úspěchem, využity jsou:
a) pozorování fixovaných preparátů - morfologie, kolokalizace, kvalitativní a kvantitativní srovnání intensit
b) časosběr - pozorvání živých preparátů (vyhřívaný stolek, CO2 komůrka)
c) měření FRAP/FLIP - dynamika proteinů
d) FRET - analýza interakcí
e) analýza spekter - tzv. lambda sken.
f) reflexní mód - analýza materiálů, adheze buněk.
f) image restoration (dekonvoluce) a image analysis.

Všechny techniky samozřejmě víceméně narážejí na své limity, především rychlost snímání a citlivost detekce, stabilitu a výkon výpočetních systémů, data storage, obtížnost daných technik na zavedení a další limity, většinou odvislé od konkrétních aplikací.

Pro vaši inspiraci; souhrn strojů a technik, o kterých se mluví nebo mluvilo:

a) mikroskop pro opravdu rychlé snímání rychlých dějů v živých buňkách. Tzn. resonanční skener (leica), čárový skener (Zeiss), spinning disk, rychlé widefield systémy atd.
b) laserová mikrodisekce
c) lightsheet konfokální mikroskopie - rychlé sledování celého organismu v čase pomocí světelné roviny. Vhodné pro vývojové zoology a experimentální botaniky.
d) TIRF
e) superResolution - STED, GSM (leica), SIM (structured illumination, Zeiss, Nikon), stochastické metody PALM/STORM (Zeiss, Nikon)
f) FLIM (fluorescence lifetime imaging)
g) High Throughtput/ Content Screening

*********************************************************
PS: Prosím, koho, téma nezajímá, nechť se nebojí tuto skupinu opustit.
Naopak, pokud víte o někom, koho zajímá a není ve skupině, prosím, pozvěte jej, nebo mi řekněte a já jej pozvu.

S pozdravem Ondra Šebesta