Portcullis splice sites

7 views
Skip to first unread message

Francesco Cicconardi

unread,
Mar 24, 2022, 5:54:28 AM3/24/22
to apollo
Hi,

I'm very new to apollo/jbrowse, and I'm trying to understand how to create my tracks, and what's the best way to do it.

At the moment I'm struggling to understand how I create a splice site track generated with portcullis. It's a bed file format and here it's how it looks like.

track name="junctions" description="Portcullis V1.1.2 0.5 junctions"
Scf0000001        97855        98276        portcullis_pass_3        1.000        -        97998        98129        255,0,0        2        143,147        0,274
Scf0000001        99446        129837        portcullis_pass_4        0.884        -        99591        129782        255,0,0        2        145,55        0,30336
Scf0000001        99460        193089        portcullis_pass_5        0.892        -        99591        192983        255,0,0        2        131,106        0,93523
Scf0000001        129782        193123        portcullis_pass_10        0.888        -        129825        192983        255,0,0        2        43,140        0,63201
Scf0000001        152628        204718        portcullis_pass_12        0.884        -        152743        204696        255,0,0        2        115,22        0,52068
Scf0000001        204571        204984        portcullis_pass_13        1.000        -        204718        204837        255,0,0        2        147,147        0,266
Scf0000001        204603        205044        portcullis_pass_14        1.000        -        204718        204930        255,0,0        2        115,114        0,327
Scf0000001        204908        205972        portcullis_pass_15        0.692        -        205055        205840        255,0,0        2        147,132        0,932
Scf0000001        204924        206379        portcullis_pass_16        0.621        -        205055        206360        255,0,0        2        131,19        0,1436


Any advice?
Thanks a lot
Francesco

Reply all
Reply to author
Forward
0 new messages