Hola,
Intuyo que está usando la aplicación de escáner de su cámara para obtener el código QR, si es así, no lo haga. Debe usar directamente la opción de escanear QR desde una aplicación o extensión habilitada para escanear token de tipo OTP o 2FA, como los autenticadores de Google, Microsoft, Twilio y otras empresas.
Si es otro el problema, quedo atento.
Saludos.