I have a custom build of sqlite on my channel with readline support. Feel free to give it a spin!
(root) [root@d171b0a16926 ~]# conda install -yc nehaljwani sqlite
Fetching package metadata ...........
Solving package specifications: .
Package plan for installation in environment /conda:
The following NEW packages will be INSTALLED:
ncurses: 5.9-10
The following packages will be UPDATED:
conda: 4.3.11-py27_0 --> 4.3.16-py27_0
The following packages will be SUPERCEDED by a higher-priority channel:
sqlite: 3.13.0-0 --> 3.13.0-0 nehaljwani
ncurses-5.9-10 100% |###################################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 1.85 MB/s
sqlite-3.13.0- 100% |###################################################################################################################################################################| Time: 0:00:07 445.98 kB/s
conda-4.3.16-p 100% |###################################################################################################################################################################| Time: 0:00:00 4.72 MB/s
(root) [root@d171b0a16926 ~]# ldd $(which sqlite3)
linux-vdso.so.1 => (0x00007ffd20786000)
libncursesw.so.5 => /conda/bin/../lib/libncursesw.so.5 (0x00007f35be604000)
libreadline.so.6 => /conda/bin/../lib/libreadline.so.6 (0x00007f35be3c2000)
libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x00007f35be1bb000)
libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x00007f35bdf9e000)
libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00007f35bdc09000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x000055bc13800000)
(root) [root@d171b0a16926 ~]#