CondaOSError: raised after installing gdal from conda-forge

[jose.b...@aquabiota.se]

Hej,

I was having lots of troubles trying to get gdal package working on  anaconda distribution with python 3.5.

After doing a 

conda list gdal

I received

gdal                      2.0.0                    py35_1  
libgdal                   2.0.0                         1

Then I run:

python -c 'import osgeo; print(osgeo.__version__)'

and received

Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
  File "/home/user/anaconda3/envs/amasing_env/lib/python3.5/site-packages/osgeo/__init__.py", line 21, in <module>
    _gdal = swig_import_helper()
  File "/home/user/anaconda3/envs/amasing_env/lib/python3.5/site-packages/osgeo/__init__.py", line 17, in swig_import_helper
    _mod = imp.load_module('_gdal', fp, pathname, description)
  File "/home/user/anaconda3/envs/amasing_env/lib/python3.5/imp.py", line 242, in load_module
    return load_dynamic(name, filename, file)
  File "/home/user/anaconda3/envs/amasing_env/lib/python3.5/imp.py", line 342, in load_dynamic
    return _load(spec)
ImportError: libnetcdf.so.7: cannot open shared object file: No such file or directory

So, I tried to install gdal from conda-forge

by

conda install gdal -c conda-forge

Fetching package metadata .........
Solving package specifications: ..........


Package plan for installation in environment /home/jobel/anaconda3/envs/amasing_env:


The following packages will be downloaded:


    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    geos-3.5.1                 |                1        19.5 MB  conda-forge
    giflib-5.1.4               |                0         200 KB  conda-forge
    icu-56.1                   |                4        21.9 MB  conda-forge
    jpeg-9b                    |                0         918 KB  conda-forge
    json-c-0.12                |                0          94 KB  conda-forge
    libiconv-1.14              |                3         2.0 MB  conda-forge
    proj4-4.9.3                |                1         1.3 MB  conda-forge
    util-linux-2.21            |                0          35 KB
    freexl-1.0.2               |                1         119 KB  conda-forge
    hdf4-4.2.12                |                0         968 KB  conda-forge
    libpng-1.6.26              |                0         297 KB  conda-forge
    libpq-9.5.4                |                3          93 KB  conda-forge
    libtiff-4.0.6              |                7         507 KB  conda-forge
    libxml2-2.9.3              |                9         4.9 MB  conda-forge
    libdap4-3.18.2             |                0        15.3 MB  conda-forge
    libspatialite-4.3.0a       |               13         4.6 MB  conda-forge
    openjpeg-2.1.2             |                1         222 KB  conda-forge
    pyshp-1.2.10               |           py35_0         224 KB  conda-forge
    gdal-2.1.2                 |      np111py35_2        82.7 MB  conda-forge
    pillow-3.2.0               |           py35_1         817 KB  conda-forge
    pyproj-1.9.5.1             |           py35_0         3.3 MB  conda-forge
    qt-4.8.7                   |                3        34.1 MB
    pyqt-4.11.4                |           py35_1         3.5 MB  conda-forge
    anaconda-navigator-1.2.3   |           py35_0         3.1 MB
    matplotlib-1.5.1           |      np111py35_0         8.4 MB
    basemap-1.0.8.dev0         |      np111py35_3        17.1 MB  conda-forge
    qtconsole-4.2.1            |           py35_0         136 KB  conda-forge
    spyder-2.3.9               |           py35_1         2.1 MB  conda-forge
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:       228.3 MB


The following NEW packages will be INSTALLED:


    freexl:             1.0.2-1           conda-forge
    giflib:             5.1.4-0           conda-forge
    json-c:             0.12-0            conda-forge
    libdap4:            3.18.2-0          conda-forge
    libiconv:           1.14-3            conda-forge
    libpq:              9.5.4-3           conda-forge
    libspatialite:      4.3.0a-13         conda-forge
    openjpeg:           2.1.2-1           conda-forge
    pyproj:             1.9.5.1-py35_0    conda-forge
    pyshp:              1.2.10-py35_0     conda-forge
    util-linux:         2.21-0                      


The following packages will be UPDATED:


    basemap:            1.0.7-np111py35_0             --> 1.0.8.dev0-np111py35_3 conda-forge
    gdal:               2.0.0-py35_1                  --> 2.1.2-np111py35_2      conda-forge
    geos:               3.4.2-0                       --> 3.5.1-1                conda-forge
    icu:                54.1-0                        --> 56.1-4                 conda-forge
    jpeg:               8d-2                          --> 9b-0                   conda-forge
    libpng:             1.6.22-0                      --> 1.6.26-0               conda-forge
    libtiff:            4.0.6-2                       --> 4.0.6-7                conda-forge
    libxml2:            2.9.2-0                       --> 2.9.3-9                conda-forge
    proj4:              4.9.2-0                       --> 4.9.3-1                conda-forge


The following packages will be SUPERCEDED by a higher-priority channel:


    hdf4:               4.2.12-0                      --> 4.2.12-0               conda-forge
    pillow:             3.4.2-py35_0                  --> 3.2.0-py35_1           conda-forge
    pyqt:               5.6.0-py35_0                  --> 4.11.4-py35_1          conda-forge
    qtconsole:          4.2.1-py35_1                  --> 4.2.1-py35_0           conda-forge
    spyder:             3.0.0-py35_0                  --> 2.3.9-py35_1           conda-forge


The following packages will be DOWNGRADED due to dependency conflicts:


    anaconda-navigator: 1.3.1-py35_0                  --> 1.2.3-py35_0                      
    matplotlib:         1.5.3-np111py35_1             --> 1.5.1-np111py35_0                
    qt:                 5.6.0-1                       --> 4.8.7-3          

...

spyder-2.3.9-p 100% |##################################################################################################################################| Time: 0:00:02   1.05 MB/s
Extracting packages ...
[      COMPLETE      ]|#####################################################################################################################################################| 100%
Unlinking packages ...
[      COMPLETE      ]|#####################################################################################################################################################| 100%
Linking packages ...
CondaOSError: OS error: failed to link (src='/home/user/anaconda3/pkgs/icu-56.1-4/lib/icu/current', dst='/home/user/anaconda3/envs/amasing_env/lib/icu/current', type=3, error=FileExistsError(17, 'File exists'))

Now, my environment does not work anymore.

Help, please!