SRP en plantas

[Alma Yadira Martínez Rendon]

Que tal, aunque la información disponible en este tema es escasa, ya
que la mayoría de las publicaciones se enfoncan a la SRP en otros
organismos eucariontes, esto fué lo que pude recopilar con respecto a
la región de RNA 7SL en la SRP de plantas. Yo trabajo con una especie
asiática de la cuál aún no se obtiene el genoma completo, es por eso
que la secuencia del gen que agrego es de la planta modelo por
excelencia Arabidopsis thaliana.

Saludos!

Alma Yadira Martínez R.

La partícula señal de reconocimiento (SRP) es una pequeña
ribonucleoproteína que se requiere para la orientación y traslocación
de proteínas secretoras hacia el retículo endoplásmico. En mamíferos,
la SRP se compone de seis polipéptidos y un RNA pequeño de
aproximadamente 300 nucleótidos (RNA 7SL) que es transcrito por la RNA
polimerasa III. Algunas secuencias de RNA 7LS conocidas en plantas,
comparten cierta homología con sus contrapartes no vegetales. Marques
et al., (1993) lograron identificar un gen codificante para el RNA 7SL
de Arabidopsis thaliana, el At7SL1. Dicho gen fue localizado por los
mismos autores a través de un mapeo RFLP en el cromosoma 4, dentro del
locus hy4. Una comparación de las secuencias de Arabidopsis y de
humano demostró que existe menos del 38% de identidad entre ambas, sin
embargo, se pudieron predecir estructuras secundarias equivalentes.
Según Schünemann (2004), la SRP se encuentra en el citoplasma de la
mayoría, o de todos, los organismos eucariontes y procariontes, donde
juega un papel importante en la inserción co-traduccional de proteínas
de membrana en el retículo endoplásmico y en la membrana plasmática.
Los cloroplastos contienen un tipo especializado de SRP, el cpSRP, que
contiene un polipéptido SRP54 (~54 kDa) homólogo al del resto de los
organismos no vegetales, pero que difiere del SRP citosólico en varios
aspectos de estructura y función. El polipéptido SRP54 del cloroplasto
contiene una nueva subunidad proteínica, la cpSRP43; además, carece de
RNA. Esta subunidad de 54 kDa de la cpSRP también está involucrada en
el transporte co-traduccional de proteínas tilacoidales, por lo que es
capaz de cambiar entre la interacción co- y post- traduccional con sus
respectivas proteínas substrato.
Los genes del RNA 7SL en plantas, han sido clasificados previamente
como genes dependientes de la polimerasa III del tipo 3, los cuales
requieren de una secuencia promotora río arriba y una caja TATA
canónica para que exista actividad transcripcional en protoplastos
vegetales transfectados. Sin embargo, Yukawa et al. (2005)
identificaron dos nuevas regiones funcionales dentro de la región
codificante de un gen RNA 7SL de Arabidopsis (At7SL-1) que se asemejan
a las cajas A y B específicas del gen tRNA con respecto a su secuencia
y a su posición. Substituciones de nucleótidos simples y múltiples en
cualquiera de estas regiones producen una fuerte reducción de la
actividad de transcripción en extracto nuclear de tabaco. Estos
descubrimientos sugieren que los genes de RNA 7SL de plantas pueden
ser ubicados como genes dependientes de la Pol III de tipo 4.
A continuación la secuencia del gen RNA 7SL de Arabidopsis thaliana
publicada en la base de datos de NCBI Nucleotide. El gen forma parte
de la SRP de la misma planta, la secuencia se obtuvo de extractos de
DNA foliar.


Arabidopsis thaliana 7SL-3 gene for signal recognition particle
GenBank: AJ290403.1
LOCUS AJ290403 405 bp DNA linear PLN 15-
NOV-2007
DEFINITION Arabidopsis thaliana 7SL-3 gene for signal recognition
particle.
ACCESSION AJ290403
VERSION AJ290403.1 GI:13872708
KEYWORDS 7SL-3 gene; signal recognition particle.
SOURCE Arabidopsis thaliana (thale cress)
ORGANISM Arabidopsis thaliana
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta;
Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; eudicotyledons; core
eudicotyledons;
rosids; malvids; Brassicales; Brassicaceae; Arabidopsis.
REFERENCE 1
AUTHORS Yukawa,Y., Matousek,J., Junker,V., Vrba,L., Steger,G.,
Sugiura,M.
and Beier,H.
TITLE Plant 7SL RNA genes with inserted antisense sequences are
efficiently expressed in tobacco nuclear extract
JOURNAL Unpublished
REFERENCE 2 (bases 1 to 405)
AUTHORS Matousek,J.
TITLE Direct Submission
JOURNAL Submitted (18-JAN-2001) Matousek J., Molecular Genetics,
Institute
of Plant Molecular Biology AS CR, Branisovska 31, Ceske
Budejovice
370 05, Czech Republic
FEATURES Location/Qualifiers
source 1..405
/organism="Arabidopsis thaliana"
/mol_type="genomic DNA"
/db_xref="taxon:3702"
/tissue_type="leaves"
/clone_lib="A63"
/ecotype="Columbia"
promoter 1..10
/note="USE element"
TATA_signal 37..44
ncRNA 66..369
/ncRNA_class="scRNA"
/product="signal recognition particle"
/note="7SL RNA"
ORIGIN
1 tcccacatcg gtcaatctac tcgttttgtg tttgtttata tattacacga
aacgatgtac
61 ccaacgtcga gctaagtaac agtagcttgt aacccatgtg gggacaataa
gatcgaggga
121 cactggtcgg ttcctcgggt cggttctggt gttggcatgt ttctgagctg
cccagtccaa
181 gctgtggtaa tccgtgtgaa tcaagcgaag gcttggctca gtcggtttct
aaaggcggaa
241 ggcaatgcgt gaggctggtt tcacagagca gcgactactt cccgcttaca
gcagtggacg
301 ggatcacagt ttggcgtcgc tcagaaccac tatggcctga tggtccgatc
tcatatgaac
361 caccattttt gtctctcttt tagcttttgt ttccaaaact ttcta


REFERENCIAS
• Marques JP, Gualberto JM y Palme K. 1993. Sequence of the
Arabidopsis thaliana 7SL RNA gene. Nucleic Acids Research 21 (15):
3581
• Schünemann D. 2004. Structure and function of the chloroplast signal
recognition particle. Curr. Genet. 44: 295-304
• Yukawa Y, Felis M, Englert M, Stojanov M, Matousek J, Beier H y
Sugiura S. 2005. Plant 7SL RNA genes belong to type 4 of RNA
polymerase III-dependent genes that are composed of mixed promoters.
The Plant Journal 43: 97-106