É um assunto que dá uma boa discussão mesmo. Eu hoje estou utilizando o Zend 2(Estudando), junto ao Doctrine 2 e achei mais fácil fazer a validação pelo Model, até mesmo quando eu precisar um dia, quem sabe, reutilizar algo daquele model ficaria mais fácil pois até a validação já existe nele.
Então pra isso eu criei uma classe Abstrata para toda Entidade do Doctrine 2, e nela eu faço as devidas validações e com algumas particularidades para cada entidade, estou gostando bastante do resultado.
Eu já pensei em deixar a validação também pelo Form, porém ainda encontro bloqueio em utilizar o Zend\Form\*, não gosto muito da maneira que ele trabalha então crio meu forms na view mesmo, e como já disse valido com jQuery e pelo Model, mas é uma opção interessante também.
Obrigado a todos pelo feedback.