Puedes crear rutas para lo que deseas hacer en el archivo application.ini, para el caso que indicas y usar este formato para definir tus rutas "virtuales" :
routes.clientea_proyectoa.route = /
apps/clientea/proyectoa/
routes.clientea_proyectoa.defaults.controller = index
routes.clientea_proyectoa.defaults.action = clientea-proyecto-a
Y podrias hacerlo todo en un solo controlador donde crearas un action por cada proyecto de un cliente. Si deseas puedes hacerlo en el IndexController y tendrias que crear estos action :
clienteaProyectoAController
clienteaProyectoBController
...
clientexProyectoABController
y asi crear una ruta como la de arriba en application.ini por cada action.
O tambien un controlador por cada cliente, asi deberas crear ClienteAController , ClienteBController ..., ClienteXController :
y en cada uno los respectivos action correspondientes a sus proyectos por ejemplo para ClienteAController , creas estos action :
proyectoAController
proyectoBController
Y asignar los valores adecuados de router, controller , action y default respectivo por cada ruta segun el formato .
Saludos.