Con un poco de paciencia y
http://www.apple.com/applescript/uiscripting/ deberías ser capaz de
hacerte un script que haga justo eso.

De hecho, aquí va el fruto de un ratin de trasteo:

tell application "System Events"
        activate application "TextMate"
        keystroke "," using {command down}
        tell application "System Events"
                tell process "TextMate"
                        click button "Fonts & Colors" of tool bar 1 of window 1
                        click pop up button 1 of window 1
                        keystroke "Cobalt"
                        keystroke return
                        keystroke "w" using {command down}
                end tell
        end tell
end tell

para elegir el tema "Cobalt". Supongo que no te costará mucho hacerte
un par de comandos para alternar entre temas...

P.D: Si, AppleScript es una mierda :P