Só vale a pena usar dessa forma se o seu Controller for um serviço que recebe o EntityManager (ou o repositório) no construtor, na minha opinião. De qualquer forma, isso gera um acoplamento e dependência desnecessários, na minha visão.
Se o intuito é apenas reaproveitar a instância do repositório sem ter de reescrever código, crie um factory method no controller para isso.
class Controller
{
public function indexAction()
{
$users = $this->getRepository()->findAll();
}
public function getRepository()
{
return $this->getDoctrine()->getEntityManager()->getRepository('UserBundle:User');
}
}
Posso estar enganado, mas o que você quer é algo que frameworks como Cake e CodeIgniter fazem, que é ter o controller acoplado ao model, e na arquitetura deles, o padrão é o ActiveRecord, bem diferente do conceito usado pelo Symfony e Doctrine2.
Marcelo