Já apanhei um bocado com isso.
Usar o jrails é uma alternativa... daí fica tudo jQuery. Mas no caso de uma aplicacao aqui da empresa temos um componente em prototype que não teve como. Nos outros utilizamos jrails.
Pesquise sobre jQuery.noConflict()
http://docs.jquery.com/Using_jQuery_with_Other_LibrariesSucesso!
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Wenderson Rodrigues Malheiros
Linux evangelist
Ruby Enthusiast