Hola, la línea que mostrás:
<?php defined('SYSPATH') or die('No direct script access.');
lo único que hace es verificar si el framework está "funcionando", SYSPATH es una constante definida en el framework (es la ruta de sistema), si intentás ejecutar ese script por fuera del framework no va a encontrar definida la constante y "matará" la ejecución con un mensaje "No direct script access."
No entiendo muy bien tu pregunta, ¿cuando intentás ingresar a la página te pide usuario y contraseña con el formulario que hiciste en Kohana?
Puede ser lo que dice Joel, quizás intentaste, antes de hacer el formulario de login en Kohana con Auth del servidor .