Até agora a performance do IoC nunca foi um bottleneck em projectos meus.
Acho que esse foi o link que o Carlos enviou na primeira resposta da thread:
http://www.palmmedia.de/blog/2011/8/30/ioc-container-benchmark-performance-comparison
A minha interpretação e experiência é de que o container nunca será o problema, e a ser, trocar deve ser trabalho muito pequeno (trocar apenas os registos e a chamada do bootstrap, todo o resto da aplicação deve se manter na mesma porque as dependencias estão invertidas).
As caracteristicas do teu projecto são tais que implicam tal consideração de performance, ou bastaria usar um "que servisse"?