Eu acho que seria melhor você ficar com o linux e instalar o virtualbox no linux para emular o windows, faz mais sentido dessa forma, já que vc usa pouco o windows. Certo?
Detalhe importante: Eu não consegui fazer o virtual box funcionar no opensuse 11.4 usando KDE, mas já fiz em outras distros sem problemas.
Contra:
Desde que você esteja usando uma máquina boa, não acredito que tenha perdas em desenpenho, pelo menos nada perceptível, eu uso ambiente virtualizado na internet, tenho alguna sites em ambiente assim, e ninguem nunca reclamou de desempenho.
Pros:
Nesse caso o que conta é a sua organização, não misture as coisas, é a melhor forma de manter a coisa limpa.
Boa sorte com sua decisão!