Les recomiendo leer este enlace:
http://www.zimbio.com/member/doffer/articles/6524633/Thoughts+Unix+File+System+Structure
Está simple, bien escrito y describe muy bien cómo se debería organizar un
sistema de archivos Unix (estándar de facto). Por ejemplo, comenta como
el directorio /usr significa Unix System Resources. Tiene historia.
En otras palabras, está bonito.
Saludos,
B.