both magic, é possível sim alterar pelo arquivo fxml também.
Eu uso combobox para estados e edito direto no fxml e funciona normalmente.
Pelo seu relato parece que o arquivo está de alguma forma protegido e não aceita edição.
Qual IDE vc está utilizando? Experimenta editar o fxml pelo netbeans (botão direito no arquivo>editar) SEM abrir o Scene Builder.
No initialize vc seta um valor para para ele não aparecer vazio.
comboBox.setValue("Ativo");
Alterar os valores via código java é indicado nos casos em quem o seu comboBox é preenchido com Models/Beans.
Obs: No casa como é um status (ativo - inativo) não seria melhor um radiobutton?
Em quinta-feira, 23 de maio de 2013 09h15min32s UTC-3, bothmagic escreveu: