multicore in windows

[Moran Koren]

Hi All,

Does anyone know if how can we set the number of cores in use in windows?

(similar to the linux options("mc.core")<-4)

thanks

--

Moran Koren,

http://www.r-project.org/

[Jonathan Rosenblatt]

אנא סלח לי על הבורות-

זו שאלת 

R?

--
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "Israel R User Group" group.
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to israel-r-user-g...@googlegroups.com.
For more options, visit https://groups.google.com/groups/opt_out.
 
 

--
Jonathan Rosenblatt
www.john-ros.com

[Moran Koren]

כמובן!!! החל מגירסא 2.15.3 החבילה שמאפשרת שימוש במספר מעבדים נכנסה לחבילת הבסיס....אבל זה עובד בעיקר בלינוקס

[Jonathan Rosenblatt]

I admit I do not see why this would be platform specific.

In 2.14.0 the parallel package was first supplied with the base distribution.

Assuming you are using this package, you are probably starting the multiple cores with makeCluster(), which defaults to calling makeForkCluster(), which does indeed query the local variables using nnodes=getOption("mc.cores", 2L).

This suggests that you can control the number of slaves by calling, say,  makeCluster(nnodes=6, ...), if you want 6 slaves.

Does this work?

Jonathan

[Moran Koren]

Actually I've only got around to use mclapply(), which only work with 1 core on windows, very sad....

how do I use makeCluster?

[Tal Galili]

הנושא של חישוב מקבילי ב-R הוא מאד תלוי מערכת (לצערי).

בזמנו מצאתי פתרון עבור Windows:

http://www.r-statistics.com/2010/04/parallel-multicore-processing-with-r-on-windows/

אבל פעם אחרונה שהסתכלתי על זה שוב (אני חושב לפני חצי שנה בערך), זה כבר לא עבד יותר היות ו REvolution הסירו את החבילה:

http://cran.r-project.org/web/packages/doSMP/index.html

יש את החבילה הבאה שכנראה משיגה תוצאות דומות:

http://cran.r-project.org/web/packages/doSNOW/index.html

ויש כמה דוגמאות ברשת לשימוש בה, לדוגמא:

http://www.r-bloggers.com/simple-examplehow-to-use-foreach-and-dosnow-packages-for-parallel-computation/

http://stackoverflow.com/questions/10713944/parallel-computing-in-r-on-windows-using-dosnow-how-to-transfer-results-from-cl?rq=1

http://stackoverflow.com/questions/2819391/parallel-processing-in-r-2-11-windows-64-bit-using-snow-not-quite-working?rq=1

אבל לא היה לי הזדמנות לעבור ולראות מהן הפתרונות העדכניים.

אוקצ, אם מישהו פה התנסה בחישוב מקבילי ב- R עבור חלונות, אני אשמח לראות קוד לדוגמא :)

טל

----------------Contact Details:-------------------------------------------------------
Contact me: Tal.G...@gmail.com | 
Read me: www.talgalili.com (Hebrew) | www.biostatistics.co.il (Hebrew) | www.r-statistics.com (English)
----------------------------------------------------------------------------------------------

[david golan]

אני בזמנו השתמשתי בdoSNOW. קצת לא נוח להרים את הסט-אפ בפעם הראשונה, אבל ברגע שזה רץ תכלס זה יכול לחסוך הרבה זמן. בטח היום יש דרכים יותר נוחות לעשות את זה. 

זה נראה בערך ככה:

#################################

# Utils for multicore processing

#################################

require(snow) 

require(doSNOW) 

require(foreach) 

cl.tmp = makeCluster(rep("localhost",3), type="SOCK") 

registerDoSNOW(cl.tmp) 

##################################

f <- function(x){

Sys.sleep(5)

return(x^2)

}

ret <- foreach(i=1:3) %dopar% f(i)